H                                *     C              C                                H     C        (H)C  
                    .... ....|1... ....|2... ....|3... ....|4... ....|5... ....|6... ....|7... ....|8... ....|9... ....|10.. ....|11.. ....|12.. ....|13.. ....|14.. ....|
prot                M--A--R--Y--R--C--C--R--S--Q--S--R--S--R--Y--Y--R--Q--R--Q--R--S--R--R--R--R--R--R--S--C--Q--T--R--R--R--A--M--R--------C--C--R--P--R--Y--R--P--R--C--
human_prot          M--A--R--Y--R--C--C--R--S--Q--S--R--S--R--Y--Y--R--Q--R--Q--R--S--R--R--R--R--R--R--S--C--Q--T--R--R--R--A--------------C--C--R--P--R--Y--R--P--R--C--
chimp_prot          M--A--R--Y--R--C--C--R--S--Q--S--R--S--R--C--Y--R--Q--R--Q--R--S--R--R--R--K--R--Q--S--C--Q--T--Q--R--R--A--------------C--C--R--R--R--S--R--M--R--R--
macaque_prot        M--A--R--Y--R--C--C--R--S--Q--S--R--S--R--C--C--R--R--R--R--R--C--R--R--R--R--R--R--R--C--R--A--R--R--R--A--------------C--C--R--R--R--Y--R--L--R--C--
human_dna           ATGGCCAGGTACAGATGCTGTCGCAGCCAGAGCCGGAGCAGATATTACCGCCAGAGACAAAGAAGTCGCAGACGAAGGAGGCGGAGCTGCCAGACACGGAGGAGAGCC------------TGCTGCCGCCCCAGGTACAGACCGCGATGT
chimp_dna           ATGGCCAGGTACAGATGCTGTCGCAGCCAGAGCCGGAGCAGATGTTACCGCCAGAGACAAAGAAGTCGCAGACGAAAGAGGCAGAGCTGCCAGACACAGAGGAGAGCC------------TGCTGCCGCCGCAGGTCCAGAATGAGACGT
macaque_dna         ATGGCCAGGTACAGATGCTGTCGCAGCCAGAGCCGGAGCAGATGCTGCCGCCGGAGACGAAGATGTCGCAGACGAAGGAGGCGGAGATGCCGGGCACGGAGGAGAGCC------------TGCTGCCGCCGCAGGTACAGGCTGAGGTGT
hg18                ATGGCCAGGTACAGATGCTGTCGCAGCCAGAGCCGGAGCAGATATTACCGCCAGAGACAAAGAAGTCGCAGACGAAGGAGGCGGAGCTGCCAGACACGGAGGAGAGCCATGAGG------TGCTGCCGCCCCAGGTACAGACCGCGATGT
panTro2             ATGGCCAGGTACAGATGCTGTCGCAGCCAGAGCCGGAGCAGATGTTACCGCCAGAGACAAAGAAGTCGCAGACGAAAGAGGCAGAGCTGCCAGACACAGAGGAGAGCCATGAGG------TGCTGCCGCCGCAGGTCCAGAATGAGACGT
rheMac2             ATGGCCAGGTACAGATGCTGTCGCAGCCAGAGCCGGAGCAGATGCTGCCGCCGGAGACGAAGATGTCGCAGACGAAGGAGGCGGAGATGCCGGGCACGGAGGAGAGCCATGAGG------TGCTGCCGCCGCAGGTACAGGCTGAGGTGT
codon_pos           012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012------012012012012012012012012012012
hg18_prot           M--A--R--Y--R--C--C--R--S--Q--S--R--S--R--Y--Y--R--Q--R--Q--R--S--R--R--R--R--R--R--S--C--Q--T--R--R--R--A--M--R--------C--C--R--P--R--Y--R--P--R--C--
panTro_prot         M--A--R--Y--R--C--C--R--S--Q--S--R--S--R--C--Y--R--Q--R--Q--R--S--R--R--R--K--R--Q--S--C--Q--T--Q--R--R--A--M--R--------C--C--R--R--R--S--R--M--R--R--
rheMac_prot         M--A--R--Y--R--C--C--R--S--Q--S--R--S--R--C--C--R--R--R--R--R--C--R--R--R--R--R--R--R--C--R--A--R--R--R--A--M--R--------C--C--R--R--R--Y--R--L--R--C--

                                   
                    15.. ....|16.. 
prot                R--R--H--------
human_prot          R--R-----------
chimp_prot          R--R-----------
macaque_prot        R--R-----------
human_dna           AGAAGA---------
chimp_dna           AGAAGA---------
macaque_dna         AGAAGA---------
hg18                AGAAGACA---C---
panTro2             AGAAGACA---C---
rheMac2             AGAAGATA---C---
codon_pos           01201201---2---
hg18_prot           R--R--H--------
panTro_prot         R--R--H--------
rheMac_prot         R--R--Y--------