C H C .... ....|1... ....|2... ....|3... ....|4... ....|5... ....|6... ....|7... ....|8... ....|9... ....|10.. ....|11.. ....|12.. ....|13.. ....|14.. ....| prot M--E--I--S--R--L--A--Q--S--K--R--N--I--I--S--L--N--M--D--L--E--R--D--T--Q--R--I--D--E--A--N--Q--K--L--L--L--K--I--Q--E--R--E--D--K--I--Q-----R--L--E-- human_prot M--E--I--S--R--L--A--Q--S--K--R--N--I--I--S--L--N--M--D--L--E--R--D--T--Q--R--I--D--E--A--N--Q--K--L--L--L--K--I--Q--E--R--E--D--K--I--------R--L--E-- chimp_prot M--E--I--S--R--L--A--Q--S--K--R--N--I--I--S--L--N--M--D--L--E--R--H--M--Q--R--I--D--E--A--N--H--K--L--L--L--K--I--Q--E--R--E--D--K--I--------R--L--E-- macaque_prot M--E--I--F--R--L--A--Q--S--K--R--N--I--I--S--L--N--T--D--L--E--R--D--M--Q--R--M--D--E--A--N--Q--K--L--L--L--K--I--Q--E--R--E--D--K--I--------R--L--E-- human_dna ATGGAAATCTCAAGATTGGCTCAGTCAAAAAGAAACATTATCAGTTTGAACATGGACCTTGAAAGGGATACGCAGAGAATAGATGAAGCAAATCAGAAACTTCTTCTCAAAATCCAAGAGAGGGAAGATAAGATT------AGGCTGGAA chimp_dna ATGGAAATCTCAAGATTGGCTCAGTCAAAAAGAAACATTATCAGTTTGAACATGGACCTTGAAAGGCATATGCAGAGAATAGATGAAGCAAATCATAAACTTCTTCTCAAAATCCAAGAGAGGGAAGATAAGATT------AGGCTGGAA macaque_dna ATGGAAATCTTTAGATTGGCTCAGTCAAAAAGAAACATTATCAGTTTGAACACGGACCTTGAAAGGGATATGCAGAGAATGGATGAAGCAAATCAGAAACTTCTTCTCAAAATCCAAGAGAGAGAAGATAAGATT------AGGCTGGAA hg18 ATGGAAATCTCAAGATTGGCTCAGTCAAAAAGAAACATTATCAGTTTGAACATGGACCTTGAAAGGGATACGCAGAGAATAGATGAAGCAAATCAGAAACTTCTTCTCAAAATCCAAGAGAGGGAAGATAAGATTCAG---AGGCTGGAA panTro2 ATGGAAATCTCAAGATTGGCTCAGTCAAAAAGAAACATTATCAGTTTGAACATGGACCTTGAAAGGCATATGCAGAGAATAGATGAAGCAAATCATAAACTTCTTCTCAAAATCCAAGAGAGGGAAGATAAGATTCAG---AGGCTGGAA rheMac2 ATGGAAATCTTTAGATTGGCTCAGTCAAAAAGAAACATTATCAGTTTGAACACGGACCTTGAAAGGGATATGCAGAGAATGGATGAAGCAAATCAGAAACTTCTTCTCAAAATCCAAGAGAGAGAAGATAAGATTCAG---AGGCTGGAA codon_pos 012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012---012012012 hg18_prot M--E--I--S--R--L--A--Q--S--K--R--N--I--I--S--L--N--M--D--L--E--R--D--T--Q--R--I--D--E--A--N--Q--K--L--L--L--K--I--Q--E--R--E--D--K--I--Q-----R--L--E-- panTro_prot M--E--I--S--R--L--A--Q--S--K--R--N--I--I--S--L--N--M--D--L--E--R--H--M--Q--R--I--D--E--A--N--H--K--L--L--L--K--I--Q--E--R--E--D--K--I--Q-----R--L--E-- rheMac_prot M--E--I--F--R--L--A--Q--S--K--R--N--I--I--S--L--N--T--D--L--E--R--D--M--Q--R--M--D--E--A--N--Q--K--L--L--L--K--I--Q--E--R--E--D--K--I--Q-----R--L--E-- H C * 15.. ....|16.. ....|17.. ....|18.. ....|19.. ....|20.. ....|21.. ....|22.. ....|23.. ....|24.. ....|25.. ....|26.. ....|27.. ....|28.. ....|29.. ....| prot S--E--I--I--Q--T--R--G--L--V--E--D--E--E--W--E--K--E--N--R--T--T--M--E--R--E--R--A--L--Q--E--L--E--E--E--T--A--R--L-----E--R--K--N--K--T--L--V--H--S-- human_prot S--E--I--I--Q--T--R--G--L--V--E--D--E--E--W--E--K--E--N--R--T--T--M--E--R--E--R--A--L--Q--E--L--E--E--E--T--A--R--------E--R--K--N--K--T--L--V--H--S-- chimp_prot S--E--I--I--Q--T--E--D--L--V--E--D--E--E--W--E--K--E--N--R--T--M--M--E--R--E--R--A--L--Q--E--L--E--E--E--T--A--R--------E--R--K--N--E--T--L--V--H--S-- macaque_prot S--E--I--I--Q--T--G--D--L--V--E--D--E--E--W--E--K--E--N--R--T--T--M--E--R--E--R--A--L--Q--E--L--E--E--E--T--A--R--------E--R--K--K--K--T--L--V--H--S-- human_dna AGTGAGATCATTCAGACGCGGGGCCTGGTGGAAGATGAAGAGTGGGAGAAGGAGAACCGCACCACGATGGAAAGGGAAAGAGCCTTGCAGGAGCTGGAGGAAGAAACAGCCAGA------GAAAGGAAGAATAAGACGTTGGTCCACAGT chimp_dna AGTGAGATCATTCAGACGGAGGACCTGGTGGAAGATGAAGAGTGGGAGAAGGAGAACCGCACCATGATGGAAAGGGAAAGAGCCTTGCAGGAGCTGGAGGAAGAAACAGCCAGA------GAAAGGAAGAATGAGACGTTGGTCCACAGT macaque_dna AGTGAGATCATTCAGACGGGGGACCTGGTGGAAGATGAAGAGTGGGAGAAGGAGAACCGCACCACGATGGAAAGGGAAAGAGCCTTGCAGGAGCTGGAGGAAGAAACAGCCAGA------GAAAGGAAGAAAAAGACATTGGTTCACAGT hg18 AGTGAGATCATTCAGACGCGGGGCCTGGTGGAAGATGAAGAGTGGGAGAAGGAGAACCGCACCACGATGGAAAGGGAAAGAGCCTTGCAGGAGCTGGAGGAAGAAACAGCCAGACTT---GAAAGGAAGAATAAGACGTTGGTCCACAGT panTro2 AGTGAGATCATTCAGACGGAGGACCTGGTGGAAGATGAAGAGTGGGAGAAGGAGAACCGCACCATGATGGAAAGGGAAAGAGCCTTGCAGGAGCTGGAGGAAGAAACAGCCAGACTT---GAAAGGAAGAATGAGACGTTGGTCCACAGT rheMac2 AGTGAGATCATTCAGACGGGGGACCTGGTGGAAGATGAAGAGTGGGAGAAGGAGAACCGCACCACGATGGAAAGGGAAAGAGCCTTGCAGGAGCTGGAGGAAGAAACAGCCAGACTT---GAAAGGAAGAAAAAGACATTGGTTCACAGT codon_pos 012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012---012012012012012012012012012012 hg18_prot S--E--I--I--Q--T--R--G--L--V--E--D--E--E--W--E--K--E--N--R--T--T--M--E--R--E--R--A--L--Q--E--L--E--E--E--T--A--R--L-----E--R--K--N--K--T--L--V--H--S-- panTro_prot S--E--I--I--Q--T--E--D--L--V--E--D--E--E--W--E--K--E--N--R--T--M--M--E--R--E--R--A--L--Q--E--L--E--E--E--T--A--R--L-----E--R--K--N--E--T--L--V--H--S-- rheMac_prot S--E--I--I--Q--T--G--D--L--V--E--D--E--E--W--E--K--E--N--R--T--T--M--E--R--E--R--A--L--Q--E--L--E--E--E--T--A--R--L-----E--R--K--K--K--T--L--V--H--S-- H 30.. ....|31.. ....|32.. ....|33.. ....|34.. ....|35.. ....|36.. ....|37.. ....|38.. ....|39.. ....|40.. ....|41.. ....|42.. ....|43.. ....|44.. ....| prot I--T--E--L--Q--Q--K-----L--T--R--K--S--Q--K--I--T--N--C--E--Q--S--S--P--D--G--A--L--E--E--T--K-----V--K--L--Q--Q--L--E--A--S--Y--A--C--Q--E--K--E--L-- human_prot I--T--E--L--Q--Q--------L--T--R--K--S--Q--K--I--T--N--C--E--Q--S--S--P--D--G--A--L--E--E--T--------V--K--L--Q--Q--L--E--A--S--Y--A--C--Q--E--K--E--L-- chimp_prot I--T--E--L--Q--Q--------L--T--R--K--S--Q--K--I--T--N--C--E--Q--S--S--P--D--G--A--L--E--E--T--------V--K--L--Q--Q--L--E--A--S--Y--A--R--Q--E--K--E--L-- macaque_prot I--T--E--L--Q--Q--------L--T--R--K--S--Q--K--I--T--N--C--E--Q--S--S--P--D--G--A--L--E--E--T--------V--K--L--Q--Q--L--E--A--S--Y--A--R--Q--E--K--E--L-- human_dna ATAACAGAACTTCAACAA------CTTACAAGGAAATCACAAAAGATAACCAATTGTGAACAAAGCAGTCCAGATGGAGCCCTAGAAGAGACA------GTTAAGTTACAACAGCTGGAAGCTTCCTATGCATGCCAAGAGAAGGAGCTG chimp_dna ATAACAGAACTTCAACAA------CTTACAAGGAAATCACAAAAGATAACCAATTGTGAACAAAGCAGTCCAGATGGAGCCCTAGAAGAGACA------GTTAAGTTACAACAGCTGGAAGCTTCCTATGCACGCCAAGAGAAGGAGCTG macaque_dna ATAACAGAACTTCAACAA------CTTACAAGGAAATCACAAAAGATAACCAATTGTGAACAAAGCAGTCCAGATGGAGCCCTAGAAGAGACA------GTTAAGTTACAACAGCTGGAAGCTTCCTATGCACGCCAAGAGAAGGAGCTG hg18 ATAACAGAACTTCAACAAAAG---CTTACAAGGAAATCACAAAAGATAACCAATTGTGAACAAAGCAGTCCAGATGGAGCCCTAGAAGAGACAAAG---GTTAAGTTACAACAGCTGGAAGCTTCCTATGCATGCCAAGAGAAGGAGCTG panTro2 ATAACAGAACTTCAACAAAAG---CTTACAAGGAAATCACAAAAGATAACCAATTGTGAACAAAGCAGTCCAGATGGAGCCCTAGAAGAGACAAAG---GTTAAGTTACAACAGCTGGAAGCTTCCTATGCACGCCAAGAGAAGGAGCTG rheMac2 ATAACAGAACTTCAACAAAAG---CTTACAAGGAAATCACAAAAGATAACCAATTGTGAACAAAGCAGTCCAGATGGAGCCCTAGAAGAGACAAAG---GTTAAGTTACAACAGCTGGAAGCTTCCTATGCACGCCAAGAGAAGGAGCTG codon_pos 012012012012012012012---012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012---012012012012012012012012012012012012012012012012012 hg18_prot I--T--E--L--Q--Q--K-----L--T--R--K--S--Q--K--I--T--N--C--E--Q--S--S--P--D--G--A--L--E--E--T--K-----V--K--L--Q--Q--L--E--A--S--Y--A--C--Q--E--K--E--L-- panTro_prot I--T--E--L--Q--Q--K-----L--T--R--K--S--Q--K--I--T--N--C--E--Q--S--S--P--D--G--A--L--E--E--T--K-----V--K--L--Q--Q--L--E--A--S--Y--A--R--Q--E--K--E--L-- rheMac_prot I--T--E--L--Q--Q--K-----L--T--R--K--S--Q--K--I--T--N--C--E--Q--S--S--P--D--G--A--L--E--E--T--K-----V--K--L--Q--Q--L--E--A--S--Y--A--R--Q--E--K--E--L-- C (*) 45.. ....|46.. ....|47.. ....|48.. ....|49.. ....|50.. ....|51.. ....|52.. ....|53.. ....|54.. ....|55.. ....|56.. ....|57.. ....|58.. ....|59.. ....| prot L--K-----V--M--K--E--Y--A--F--V--T--Q--L--C--E--D--Q--A--L--Y--I--K--K--Y--Q--E--T--L--K--K--I--E--E--E--L--E--A--L--F--L--E--R--------E--V--S--K--L-- human_prot L--------V--M--K--E--Y--A--F--V--T--Q--L--C--E--D--Q--A--L--Y--I--K--K--Y--Q--E--T--L--K--K--I--E--E--E--L--E--A--L--F--L--E--R--------------S--K--L-- chimp_prot L--------V--M--K--E--Y--A--I--V--T--Q--L--C--E--D--Q--A--L--Y--I--K--K--Y--Q--E--T--L--K--K--I--E--E--E--L--E--A--L--F--L--E--R--------------S--K--L-- macaque_prot L--------V--M--K--E--Y--A--F--V--T--Q--L--C--E--D--Q--A--L--Y--I--K--K--Y--Q--E--T--L--K--K--I--E--D-----L--D--A--R--F-----E--R--------------S--K--L-- human_dna CTC------GTAATGAAGGAGTATGCATTTGTGACCCAGCTCTGTGAAGATCAAGCCCTCTACATAAAGAAGTACCAGGAAACGTTGAAGAAAATAGAAGAAGAACTAGAGGCTCTGTTCCTTGAGAG------A------TCAAAACTC chimp_dna CTC------GTAATGAAGGAGTATGCAATTGTGACCCAGCTCTGTGAAGATCAAGCCCTCTACATAAAGAAGTACCAGGAAACATTGAAGAAAATAGAAGAAGAACTAGAGGCTCTGTTCCTTGAGAG------A------TCAAAACTC macaque_dna CTC------GTAATGAAGGAGTATGCTTTTGTGACCCAGCTCTGTGAAGATCAAGCCCTCTACATAAAGAAGTACCAGGAAACGTTGAAGAAAATAGAAGACGA-CTAGACGCTCGGTTC-TTGAGAG------A------TCAAAACTT hg18 CTCAAG---GTAATGAAGGAGTATGCATTTGTGACCCAGCTCTGTGAAGATCAAGCCCTCTACATAAAGAAGTACCAGGAAACGTTGAAGAAAATAGAAGAAGAACTAGAGGCTCTGTTCCTTGAGAGAGAAGTA------TCAAAACTC panTro2 CTCAAG---GTAATGAAGGAGTATGCAATTGTGACCCAGCTCTGTGAAGATCAAGCCCTCTACATAAAGAAGTACCAGGAAACATTGAAGAAAATAGAAGAAGAACTAGAGGCTCTGTTCCTTGAGAGAGAAGTA------TCAAAACTC rheMac2 CTCAAG---GTAATGAAGGAGTATGCTTTTGTGACCCAGCTCTGTGAAGATCAAGCCCTCTACATAAAGAAGTACCAGGAAACGTTGAAGAAAATAGAAGAAGAACTAGAGGCTCGGTTCCTTGAGAGAGAAGTA------TCAAAACTT codon_pos 012012---012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012------012012012 hg18_prot L--K-----V--M--K--E--Y--A--F--V--T--Q--L--C--E--D--Q--A--L--Y--I--K--K--Y--Q--E--T--L--K--K--I--E--E--E--L--E--A--L--F--L--E--R--E--V--------S--K--L-- panTro_prot L--K-----V--M--K--E--Y--A--I--V--T--Q--L--C--E--D--Q--A--L--Y--I--K--K--Y--Q--E--T--L--K--K--I--E--E--E--L--E--A--L--F--L--E--R--E--V--------S--K--L-- rheMac_prot L--K-----V--M--K--E--Y--A--F--V--T--Q--L--C--E--D--Q--A--L--Y--I--K--K--Y--Q--E--T--L--K--K--I--E--E--E--L--E--A--R--F--L--E--R--E--V--------S--K--L-- C H 60.. ....|61.. ....|62.. ....|63.. ....|64.. ....|65.. ....|66.. ....|67.. ....|68.. ....|69.. ....|70.. ....|71.. ....|72.. ....|73.. ....|74.. ....| prot V--S--M--N--P--V--E--K--E--H--T--S--Q--N--N--E-----G--T--P--T--Q--K--T--A--R--L--F--S--K--K--------I--F--C--C--L--F--F--I--T--L--F--F--I--R--L--L--S-- human_prot V--S--M--N--P--V--E--K--E--H--T--S--Q--N--N--------G--T--P--T--Q--K--T--A--R--L--F--S--------------I--F--C--C--L--F--F--I--T--L--F--F--I--R--L--L--S-- chimp_prot V--S--M--N--P--V--E--K--E--H--T--S--Q--K--N--------G--T--P--T--Q--K--T--A--T--L--F--S--------------I--F--C--C--L--F--F--I--T--L--F--F--I--R--L--L--S-- macaque_prot V--S--M--N--S--V--E--K--E--H--T--R--Q--N--N--------G--T--P--T--Q--K--T--A--T--F--F--S--------------I--F--C--C--L--F--F--I--T--L--F--F--I--R--L--L--S-- human_dna GTGAGCATGAACCCTGTGGAAAAAGAGCATACCAGCCAAAATAAT------GGTACTCCTACCCAAAAGACAGCAAGATTATTCAGT------------ATTTTTTGCTGTCTCTTTTTCATCACCCTATTTTTCATCAGACTGCTGAGC chimp_dna GTGAGCATGAACCCTGTGGAAAAAGAGCATACCAGCCAAAAAAAT------GGTACTCCTACCCAAAAGACAGCAACATTATTCAGT------------ATTTTTTGCTGTCTCTTTTTCATCACCCTATTTTTCATCAGACTGCTGAGC macaque_dna GTGAGCATGAACTCTGTGGAAAAAGAGCATACCAGGCAAAATAAT------GGTACTCCTACCCAAAAGACAGCAACATTTTTCAGT------------ATTTTTTGCTGTCTCTTTTTCATCACCCTATTTTTCATCAGACTGCTGAGC hg18 GTGAGCATGAACCCTGTGGAAAAAGAGCATACCAGCCAAAATAATGAG---GGTACTCCTACCCAAAAGACAGCAAGATTATTCAGTAAAAAG------ATTTTTTGCTGTCTCTTTTTCATCACCCTATTTTTCATCAGACTGCTGAGC panTro2 GTGAGCATGAACCCTGTGGAAAAAGAGCATACCAGCCAAAAAAATGAG---GGTACTCCTACCCAAAAGACAGCAACATTATTCAGTAAAAAG------ATTTTTTGCTGTCTCTTTTTCATCACCCTATTTTTCATCAGACTGCTGAGC rheMac2 GTGAGCATGAACTCTGTGGAAAAAGAGCATACCAGGCAAAATAATGAG---GGTACTCCTACCCAAAAGACAGCAACATTTTTCAGTAGAAAG------ATTTTTTGCTGTCTCTTTTTCATCACCCTATTTTTCATCAGACTGCTGAGC codon_pos 012012012012012012012012012012012012012012012012---012012012012012012012012012012012012012012------012012012012012012012012012012012012012012012012012 hg18_prot V--S--M--N--P--V--E--K--E--H--T--S--Q--N--N--E-----G--T--P--T--Q--K--T--A--R--L--F--S--K--K--------I--F--C--C--L--F--F--I--T--L--F--F--I--R--L--L--S-- panTro_prot V--S--M--N--P--V--E--K--E--H--T--S--Q--K--N--E-----G--T--P--T--Q--K--T--A--T--L--F--S--K--K--------I--F--C--C--L--F--F--I--T--L--F--F--I--R--L--L--S-- rheMac_prot V--S--M--N--S--V--E--K--E--H--T--R--Q--N--N--E-----G--T--P--T--Q--K--T--A--T--F--F--S--R--K--------I--F--C--C--L--F--F--I--T--L--F--F--I--R--L--L--S-- C H 75.. ....|76.. ....|77.. ....|78.. ....|79.. ....|80.. ....|81.. ....|82.. ....|83.. ....|84.. ....|85.. ....|86.. ....|87.. ....|88.. ....|89.. ....| prot Y--M--F--F--H--V--R--F--I--N--P--D--L--L--V--N--V--L--P--K--V--L--G--R--S--T--L--W--K--L--R--C--F--F--F--P--S--L--T--L--E--T--E--D--M--L--P--H-------- human_prot Y--M--F--F--H--V--R--F--I--N--P--D--L--L--V--N--V--L--P--K--V--L--G--R--S--T--L--W--K--L--R--C--F--F--F--P--S--L--T--L--E--T--E--D--M--L--P----------- chimp_prot Y--M--F--F--H--V--R--F--I--N--T--D--L--L--V--N--V--L--P--K--V--L--S--R--S--T--L--W--K--L--R--C--F--F--F--P--S--L--T--L--E--T--E--D--M--L--P----------- macaque_prot Y--L--F--F--H--V--R--F--I--N--P--D--L--L--V--N--V--L--P--K--V--L--S--R--S--T--L--W--K--L--R--C--F--F--F--P--S--L--T--L--E--T--E--D--M--L--P----------- human_dna TACATGTTTTTTCATGTAAGATTCATAAATCCAGATCTCCTCGTCAATGTACTGCCCAAGGTACTGGGCAGGAGCACCTTGTGGAAGCTCAGATGCTTCTTCTTTCCATCTCTCACACTTGAGACAGAGGACATGTTACCC--------- chimp_dna TACATGTTTTTTCATGTAAGATTCATAAATACAGATCTCCTCGTCAATGTACTGCCCAAGGTACTGAGCAGGAGCACCTTGTGGAAGCTCAGATGCTTCTTCTTTCCATCTCTCACACTTGAGACAGAGGACATGTTACCC--------- macaque_dna TACCTGTTTTTTCATGTAAGATTCATAAATCCAGATCTCCTCGTCAATGTACTGCCCAAGGTGCTGAGCAGGAGCACCTTGTGGAAGCTCAGATGCTTCTTCTTTCCATCTCTCACACTTGAGACAGAGGACATGTTACCC--------- hg18 TACATGTTTTTTCATGTAAGATTCATAAATCCAGATCTCCTCGTCAATGTACTGCCCAAGGTACTGGGCAGGAGCACCTTGTGGAAGCTCAGATGCTTCTTCTTTCCATCTCTCACACTTGAGACAGAGGACATGTTACCCCA---C--- panTro2 TACATGTTTTTTCATGTAAGATTCATAAATACAGATCTCCTCGTCAATGTACTGCCCAAGGTACTGAGCAGGAGCACCTTGTGGAAGCTCAGATGCTTCTTCTTTCCATCTCTCACACTTGAGACAGAGGACATGTTACCCCA---C--- rheMac2 TACCTGTTTTTTCATGTAAGATTCATAAATCCAGATCTCCTCGTCAATGTACTGCCCAAGGTGCTGAGCAGGAGCACCTTGTGGAAGCTCAGATGCTTCTTCTTTCCATCTCTCACACTTGAGACAGAGGACATGTTACCCCA---C--- codon_pos 01201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201201---2--- hg18_prot Y--M--F--F--H--V--R--F--I--N--P--D--L--L--V--N--V--L--P--K--V--L--G--R--S--T--L--W--K--L--R--C--F--F--F--P--S--L--T--L--E--T--E--D--M--L--P--H-------- panTro_prot Y--M--F--F--H--V--R--F--I--N--T--D--L--L--V--N--V--L--P--K--V--L--S--R--S--T--L--W--K--L--R--C--F--F--F--P--S--L--T--L--E--T--E--D--M--L--P--H-------- rheMac_prot Y--L--F--F--H--V--R--F--I--N--P--D--L--L--V--N--V--L--P--K--V--L--S--R--S--T--L--W--K--L--R--C--F--F--F--P--S--L--T--L--E--T--E--D--M--L--P--H--------