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prot M--E--T--R--S--S--K--T--R--R--S--L--A--S--R--T--N--E--C--Q--G--T--M--W--A--P--T--S--P--P--A--G--S--S--S--P--S--Q--P--T--W--K--S--S--L--Y--S--S--L--A--
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prot Y--S--E--A--F--H--Y--S--F--A--A--R--P--R--R--L--T--Q--L--A--L--A--Q--R--P--E--P--Q--L--L--R--L--R--P--S--S--L--R--T--Q--D--I--S--H--L--L--T--G--V--F--
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chimp_prot Y--S--E--A--F--H--Y--S--F--A--A--R--P--R--R--L--T--Q--L--A--L--A--Q--R--P--E--P--Q--R--L--R--P--R--P--S--S--L--R--T--Q--D--I--S--H--L--L--T--G--V--F--
macaque_prot Y--S--E--G--F--H--Y--S--F--A--A--R--P--R--R--F--T--Q--L--A--L--A--P--R--P--E--P--Q--L--L--R--L--R--P--S--S--L--R--T--Q--D--I--S--H--L--L--T--G--V--F--
human_dna TACTCTGAGGCCTTCCACTACAGCTTCGCAGCCCGGCCCCGCCGCCTCACGCAGCTTGCGCTGGCGCAGCGTCCCGAGCCTCAGCTGCTTCGTCTGCGCCCCTCCTCGCTGCGCACCCAAGATATCTCGCACTTGCTCACCGGCGTCTTC
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hg18_prot N--K--K--L--E--D--S--C--R--K--K--L--A--E--F--E--D--E--L--D--H--T--V--D--S--L--T--W--N--L--T--P--K--A--K--E--R--T--R--E--P--L--K--K--A--S--Q--P--R--N--
panTro_prot N--K--K--L--E--D--S--C--R--K--K--L--A--M--F--E--D--E--L--D--H--T--V--D--S--L--T--W--N--L--T--P--K--A--K--E--R--T--R--E--P--L--K--K--A--S--Q--P--R--N--
rheMac_prot N--K--K--L--E--D--S--C--R--K--K--L--A--E--F--E--D--E--L--D--H--T--V--D--S--L--T--W--S--L--T--P--K--A--K--Q--R--T--R--E--P--L--K--K--A--S--Q--P--K--N--
C H
90.. ....|91.. ....|92.. ....|93.. ....|94.. ....|95.. ....|96.. ....|97.. ....|98.. ....|99.. ....|100. ....|101. ....|102. ....|103. ....|104. ....|
prot K--N--W--M--N--H--L--R--V--P--Q--R--E--L--D--R--L--L--L--A--R--M--E--S--R--N--H--F--L--K--N--P--R--F--F--P--P--N--T--R--Y--G--G--K--S--L--V--F--P--P--
human_prot K--N--W--M--N--H--L--R--V--P--Q--R--E--L--D--R--L--L--L--A--R--M--E--S--R--N--H--F--L--K--N--P--R--F--F--P--P--N--T--R--Y--G--G--K--S--L--V--F--P--P--
chimp_prot K--N--W--M--N--H--L--R--V--P--Q--R--E--L--D--R--L--L--L--A--R--M--E--S--Q--N--H--F--L--K--N--P--R--F--F--P--P--N--T--P--Y--G--G--K--S--L--V--F--P--P--
macaque_prot K--N--W--M--N--H--L--R--V--P--Q--R--E--L--D--R--L--L--L--A--R--M--E--S--R--N--H--F--L--K--N--P--R--F--F--P--P--N--T--P--Y--G--G--K--S--L--V--F--P--P--
human_dna AAAAACTGGATGAACCACTTACGTGTGCCACAGAGAGAGCTAGACAGACTTCTGCTTGCCAGAATGGAGAGTCGGAACCACTTCCTAAAAAATCCCCGTTTTTTTCCTCCTAACACTCGATATGGAGGCAAGTCTCTTGTTTTTCCTCCA
chimp_dna AAAAACTGGATGAACCACTTACGTGTGCCACAGAGAGAGCTAGACAGACTTCTGCTTGCCAGAATGGAGAGTCAGAACCACTTCCTAAAAAATCCCCGTTTTTTTCCTCCTAACACTCCATATGGAGGCAAGTCTCTTGTTTTTCCTCCA
macaque_dna AAAAACTGGATGAACCACTTACGTGTGCCACAGAGAGAACTAGACCGACTTCTGCTTGCCAGAATGGAGAGTCGGAATCACTTCCTAAAAAACCCCCGTTTTTTTCCTCCTAACACTCCATATGGAGGCAAGTCTCTTGTTTTTCCTCCA
hg18 AAAAACTGGATGAACCACTTACGTGTGCCACAGAGAGAGCTAGACAGACTTCTGCTTGCCAGAATGGAGAGTCGGAACCACTTCCTAAAAAATCCCCGTTTTTTTCCTCCTAACACTCGATATGGAGGCAAGTCTCTTGTTTTTCCTCCA
panTro2 AAAAACTGGATGAACCACTTACGTGTGCCACAGAGAGAGCTAGACAGACTTCTGCTTGCCAGAATGGAGAGTCAGAACCACTTCCTAAAAAATCCCCGTTTTTTTCCTCCTAACACTCCATATGGAGGCAAGTCTCTTGTTTTTCCTCCA
rheMac2 AAAAACTGGATGAACCACTTACGTGTGCCACAGAGAGAACTAGACCGACTTCTGCTTGCCAGAATGGAGAGTCGGAATCACTTCCTAAAAAACCCCCGTTTTTTTCCTCCTAACACTCCATATGGAGGCAAGTCTCTTGTTTTTCCTCCA
codon_pos 012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012
hg18_prot K--N--W--M--N--H--L--R--V--P--Q--R--E--L--D--R--L--L--L--A--R--M--E--S--R--N--H--F--L--K--N--P--R--F--F--P--P--N--T--R--Y--G--G--K--S--L--V--F--P--P--
panTro_prot K--N--W--M--N--H--L--R--V--P--Q--R--E--L--D--R--L--L--L--A--R--M--E--S--Q--N--H--F--L--K--N--P--R--F--F--P--P--N--T--P--Y--G--G--K--S--L--V--F--P--P--
rheMac_prot K--N--W--M--N--H--L--R--V--P--Q--R--E--L--D--R--L--L--L--A--R--M--E--S--R--N--H--F--L--K--N--P--R--F--F--P--P--N--T--P--Y--G--G--K--S--L--V--F--P--P--
(C)
105. ....|106. ....|107. ....|108. ....|109. ....|110. ....|111. ....|112. ....|113. ....|114. ....|115. ....|116. ....|117. ....|118. ....|119. ....|
prot K--K--P--A--P--I--G--E--F--Q--S--T--E--P--E--Q-----S--C--A--D--T--P--V--F--L--A--K--P--P--I--G--F--F--T--D--Y--E--I--G--P--V--Y--E--M--V--I--A--L--Q--
human_prot K--K--P--A--P--I--G--E--F--Q--S--T--E--P--E--------S--C--A--D--T--P--V--F--L--A--K--P--P--I--G--F--F--T--D--Y--E--I--G--P--V--Y-----------------------
chimp_prot K--K--P--A--P--I--G--E--F--Q--S--T--E--P--E--------S--C--A--D--T--P--V--F--L--A--K--P--P--I--G--F--F--T--D--Y--E--I--G--P--V--Y-----------------------
macaque_prot K--K--P--A--R--I--G--E--F--Q--S--T--E--P--E--------S--C--A--D--T--P--V--F--L--A--K--P--P--I--G--F--F--T--D--Y--E--I--G--P--V--Y-----------------------
human_dna AAGAAGCCAGCACCGATAGGAGAATTCCAGAGTACAGAGCCAGAA------AGTTGTGCTGATACTCCAGTGTTTCTAGCTAAGCCACCAATTGGGTTTTTCACAGATTATGAAATTGGTCCAGTTTAT---------------------
chimp_dna AAGAAGCCAGCACCGATAGGAGAATTCCAGAGTACGGAGCCAGAA------AGTTGTGCTGATACTCCAGTGTTTCTAGCTAAGCCACCAATTGGGTTTTTCACAGATTATGAAATTGGTCCAGTTTAT---------------------
macaque_dna AAGAAGCCAGCACGGATAGGAGAATTCCAGAGTACAGAGCCAGAA------AGTTGTGCTGATACTCCAGTGTTTCTAGCTAAGCCACCAATTGGGTTTTTCACAGATTATGAAATTGGTCCAGTATAT---------------------
hg18 AAGAAGCCAGCACCGATAGGAGAATTCCAGAGTACAGAGCCAGAACAG---AGTTGTGCTGATACTCCAGTGTTTCTAGCTAAGCCACCAATTGGGTTTTTCACAGATTATGAAATTGGTCCAGTTTAT---------------------
panTro2 AAGAAGCCAGCACCGATAGGAGAATTCCAGAGTACGGAGCCAGAACAG---AGTTGTGCTGATACTCCAGTGTTTCTAGCTAAGCCACCAATTGGGTTTTTCACAGATTATGAAATTGGTCCAGTTTAT---------------------
rheMac2 AAGAAGCCAGCACGGATAGGAGAATTCCAGAGTACAGAGCCAGAACAG---AGTTGTGCTGATACTCCAGTGTTTCTAGCTAAGCCACCAATTGGGTTTTTCACAGATTATGAAATTGGTCCAGTATAT---------------------
codon_pos 012012012012012012012012012012012012012012012012---012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012012---------------------
hg18_prot K--K--P--A--P--I--G--E--F--Q--S--T--E--P--E--Q-----S--C--A--D--T--P--V--F--L--A--K--P--P--I--G--F--F--T--D--Y--E--I--G--P--V--Y-----------------------
panTro_prot K--K--P--A--P--I--G--E--F--Q--S--T--E--P--E--Q-----S--C--A--D--T--P--V--F--L--A--K--P--P--I--G--F--F--T--D--Y--E--I--G--P--V--Y-----------------------
rheMac_prot K--K--P--A--R--I--G--E--F--Q--S--T--E--P--E--Q-----S--C--A--D--T--P--V--F--L--A--K--P--P--I--G--F--F--T--D--Y--E--I--G--P--V--Y-----------------------
C
120. ....|121. ....|122. ....|123. ....|124. ....|125. ....|126. ....|127. ....|128. ....|129. ....|130. ....|131. ....|132. ....|133. ....|134. ....|
prot N--T--T--T--T--S--R--Y--L--R--V--L--P--P--S--T--P--Y--F--A--L--G--L--G--M--F--P--G--K--G--G--M--V--A--P--G--M--T--C--Q--Y--I--V--Q--F--F--P--D--C--L--
human_prot ---------------------------------------------------------------------G--M--F--P--G--K--G--G--M--V--A--P--G--M--T--C--Q--Y--I--V--Q--F--F--P--D--C--L--
chimp_prot ---------------------------------------------------------------------G--M--F--P--G--K--G--G--M--V--A--P--G--M--T--C--Q--Y--V--V--Q--F--F--P--D--C--L--
macaque_prot ---------------------------------------------------------------------G--M--F--P--G--K--G--G--M--V--A--P--G--M--T--C--Q--Y--I--V--Q--F--F--P--D--C--L--
human_dna ---------------------------------------------------------------------GGGATGTTCCCAGGAAAAGGTGGAATGGTGGCTCCTGGAATGACCTGCCAGTACATTGTCCAGTTTTTTCCCGACTGCCTT
chimp_dna ---------------------------------------------------------------------GGGATGTTCCCAGGAAAAGGTGGAATGGTGGCTCCTGGAATGACCTGCCAGTACGTTGTCCAGTTTTTTCCCGACTGCCTT
macaque_dna ---------------------------------------------------------------------GGGATGTTCCCAGGAAAAGGTGGAATGGTGGCTCCTGGAATGACCTGCCAGTACATTGTCCAGTTTTTTCCTGACTGCCTT
hg18 ---------------------------------------------------------------------G----------------AG--------------------ATG--------GTA-ATTG-------------CG-CTGC---
panTro2 ---------------------------------------------------------------------G----------------AG--------------------NNN--------NNN-NNNN-------------NN-NNNN---
rheMac2 ---------------------------------------------------------------------G----------------AG--------------------ATG--------GTA-ATCG-------------CG-CTGC---
codon_pos ---------------------------------------------------------------------0----------------12--------------------012--------012-0120-------------12-0120---
hg18_prot ---------------------------------------------------------------------E--------------------------------------M----------V---I--A----------------L--Q---
panTro_prot ---------------------------------------------------------------------E--------------------------------------_----------_---_--_----------------_--_---
rheMac_prot ---------------------------------------------------------------------E--------------------------------------M----------V---I--A----------------L--Q---
(C)
135. ....|136. ....|137. ....|138. ....|139. ....|140. ....|141. ....|142. ....|143. ....|144. ....|145. ....|146. ....|147. ....|148. ....|149. ....|
prot G--D--F--D--D--F--I--L--V--E--T--Q--S--A--H--T--L--L--I--P--L--Q--A--R--R--P--P--P--V--L--T--L--S--P--V--L--D--C--G--Y--C--L--I--G--G--V--K--M--T--R--
human_prot G--D--F--D--D--F--I--L--V--E--T--Q--S--A--H--T--L--L--I--P--L--Q--A--R--R--P--P--P--V--L--------S--P--V--L--D--C--G--Y--C--L--I--G--G--V--K--M--T--R--
chimp_prot G--D--F--D--D--F--I--L--V--E--T--Q--S--A--H--T--L--L--I--P--L--Q--A--R--R--P--P--P--V--L--------S--P--V--L--D--C--G--Y--C--L--I--G--G--V--K--M--T--R--
macaque_prot G--D--F--D--D--F--I--L--V--E--T--Q--S--A--H--T--L--L--I--P--L--Q--A--R--R--P--P--P--V--L--------S--P--V--L--D--C--G--Y--C--L--I--G--G--V--K--M--T--R--
human_dna GGGGATTTTGATGATTTTATTTTAGTGGAGACCCAGTCAGCCCACACACTTCTGATCCCCCTGCAGGCCCGGAGGCCGCCCCCCGTGCTG------TCACCGGTGTTGGACTGTGGTTACTGCCTCATTGGGGGAGTCAAGATGACCAGA
chimp_dna GGGGATTTTGATGATTTTATTTTAGTGGAGACCCAGTCAGCCCACACACTTCTGATCCCCCTGCAGGCCCGGAGGCCGCCCCCTGTGCTG------TCACCGGTGTTGGACTGTGGTTACTGCCTCATTGGGGGAGTCAAGATGACCAGA
macaque_dna GGGGATTTTGATGATTTTATTTTAGTGGAGACCCAGTCAGCTCACACGCTTCTGATCCCCCTGCAGGCCCGGAGGCCACCCCCCGTGCTG------TCACCGGTGTTGGACTGTGGTTACTGCCTCATTGGGGGAGTCAAGATGACCAGA
hg18 ----------------------------AGA--------------ACAC------------------------------------------------CACC-----------------AC-----------------------GACCAG-
panTro2 ----------------------------NNN--------------NNNN------------------------------------------------NNNN-----------------NN-----------------------NNNNNN-
rheMac2 ----------------------------AGA--------------ACAC------------------------------------------------CACC-----------------AC-----------------------GACCAG-
codon_pos ----------------------------120--------------1201------------------------------------------------2012-----------------01-----------------------201201-
hg18_prot ------------------------------N----------------T--------------------------------------------------T-------------------T-------------------------T--S--
panTro_prot ------------------------------_----------------_--------------------------------------------------_-------------------_-------------------------_--_--
rheMac_prot ------------------------------N----------------T--------------------------------------------------T-------------------T-------------------------T--S--
150. ....|151. ....|152. ....|153. ....|154. ....|155. ....|156. ....|157. ....|158. ....|159. ....|160. ....|161. ....|162. ....|163. ....|164. ....|
prot F--I--C--K--N--V--G--F--S--V--G--R--F--C--I--M--P--K--T--S--W--P--P--L--S--F--K--A--I--A--T--V--G--F--V--E--Q--P--P--F--G--I--L--P--S--V--F--E--L--A--
human_prot F--I--C--K--N--V--G--F--S--V--G--R--F--C--I--M--P--K--T--S--W--P--P--L--S--F--K--A--I--A--T--V--G--F--V--E--Q--P--P--F--G--I--L--P--S--V--F--E--L--A--
chimp_prot F--I--C--K--N--V--G--F--S--V--G--R--F--C--I--M--P--K--T--S--W--P--P--L--S--F--K--A--I--A--T--V--G--F--V--E--Q--P--P--F--G--I--L--P--S--V--F--E--L--A--
macaque_prot F--I--C--K--N--V--G--F--S--V--G--R--F--C--I--I--P--K--T--S--W--P--P--L--S--F--K--A--I--A--T--V--G--F--V--E--Q--P--P--F--G--I--L--P--S--V--F--E--L--A--
human_dna TTCATCTGCAAAAATGTGGGTTTCAGTGTTGGCAGGTTCTGCATTATGCCCAAAACAAGCTGGCCACCACTAAGTTTCAAGGCCATTGCAACCGTCGGCTTTGTTGAACAACCTCCTTTTGGAATCCTGCCTTCGGTGTTTGAGCTGGCC
chimp_dna TTCATCTGCAAAAATGTGGGTTTCAGTGTTGGCAGGTTCTGCATTATGCCCAAAACAAGCTGGCCACCACTAAGTTTCAAGGCCATTGCAACCGTCGGCTTTGTTGAACAACCTCCTTTTGGAATCCTGCCTTCGGTGTTTGAGCTGGCC
macaque_dna TTCATCTGCAAAAATGTGGGTTTCAGTGTTGGCAGGTTCTGCATTATTCCCAAAACAAGCTGGCCACCACTAAGTTTCAAGGCCATTGCAACTGTCGGCTTTGTTGAGCAACCTCCTTTTGGAATCCTGCCTTCGGTGTTTGAGCTGGCC
hg18 -------------------------------------------------CC-------GCT----ACC------------------TGC----------------GA--------------G--TCCT---------------------C
panTro2 -------------------------------------------------NN-------NNN----NNN------------------NNN----------------NN--------------N--NNNN---------------------N
rheMac2 -------------------------------------------------TC-------GCT----ACC------------------TGC----------------GA--------------G--TCCT---------------------C
codon_pos -------------------------------------------------20-------120----120------------------120----------------12--------------0--1201---------------------2
hg18_prot --------------------------------------------------R---------Y------L--------------------R--------------------------------V----L-----------------------
panTro_prot --------------------------------------------------_---------_------_--------------------_--------------------------------_----_-----------------------
rheMac_prot --------------------------------------------------R---------Y------L--------------------R--------------------------------V----L-----------------------
165. ....|166. ....|167. ....|168. ....|169. ....|170. ....|171. ....|172. ....|173. ....|174. ....|175. ....|176. ....|177. ....|178. ....|179. ....|
prot P--G--H--A--I--L--V--E--V--L--F--S--P--K--S--L--G--K--A--E--Q--T--F--I--I--M--C--D--N--C--Q--I--K--E--L--V--T--I--G--I--G--Q--L--I--A--L--D--L--I--Y--
human_prot P--G--H--A--I--L--V-----V--L--F--S--P--K--S--L--G--K--A--E--Q--T--F--I--I--M--C--D--N-----Q--I--K--E--L--V--T-----G--I--G--Q--L--I--A--L--D--L--I--Y--
chimp_prot P--G--H--A--I--L--V-----V--L--F--S--P--K--S--L--G--K--A--E--Q--T--F--I--I--M--C--D--N-----Q--I--K--E--L--V--T-----G--I--G--Q--L--I--A--L--D--L--I--Y--
macaque_prot P--G--H--A--V--L--V-----V--L--F--C--P--K--S--L--G--K--A--E--Q--T--F--I--I--V--C--D--K-----P--L--E--D--L--V--T-----G--I--G--Q--L--I--A--L--D--L--I--Y--
human_dna CCGGGACATGCTATATTAGTG---GTCTTGTTTTCCCCAAAGAGCCTAGGAAAGGCAGAGCAGACCTTCATCATCATGTGCGACAAC---CAGATAAAGGAGCTGGTGACC---GGAATTGGGCAGCTGATTGCTTTGGATCTGATCTAT
chimp_dna CCGGGACATGCTATATTAGTG---GTCTTGTTTTCCCCAAAGAGCCTAGGAAAGGCAGAGCAGACCTTCATCATCATGTGCGACAAC---CAGATAAAGGAGCTGGTGACC---GGAATTGGGCAGCTGATTGCTTTGGATCTGATCTAT
macaque_dna CCGGGACATGCTGTATTAGTG---GTCTTGTTTTGCCCTAAGAGCCTAGGAAAGGCAGAGCAGACCTTCATCATCGTGTGCGACAAG---CCTCTAGAGGACCTGGTGACC---GGAATTGGGCAGCTGATTGCTTTGGATCTGATCTAT
hg18 CCG-------------------------------------------------------------CCTTC---------------------------------------------------------------------------------
panTro2 NNN-------------------------------------------------------------NNNNN---------------------------------------------------------------------------------
rheMac2 CCA-------------------------------------------------------------CCTTC---------------------------------------------------------------------------------
codon_pos 012-------------------------------------------------------------01201---------------------------------------------------------------------------------
hg18_prot P---------------------------------------------------------------P--S----------------------------------------------------------------------------------
panTro_prot _---------------------------------------------------------------_--_----------------------------------------------------------------------------------
rheMac_prot P---------------------------------------------------------------P--S----------------------------------------------------------------------------------
(H)
180. ....|181. ....|182. ....|183. ....|184. ....|185. ....|186. ....|187. ....|188. ....|189. ....|190. ....|191. ....|192. ....|193. ....|194. ....|
prot I--S--G--E--K--S--Q--P--D--P--G--E--L--T--D--L--T--A--Q--H--F--I--R--F--E--P--E--N--L--R--S--T--A--R--K--Q--L--I--I--R--N--A--T--H--V--E--L--A--F--Y--
human_prot I--S--G--E--K--S--Q--P--D--P--G--E--L--T--D--L--T--A--Q--H--F--I--R--F--E--P--E--N--L--R--S--T--A--R--K--Q--L--I--I--R--N--------H--V--E--L--A--F--Y--
chimp_prot I--S--G--E--K--S--Q--P--D--P--G--E--L--T--D--L--T--A--Q--H--F--I--R--F--E--P--E--N--L--R--S--T--A--R--K--Q--L--I--I--R--N--------H--V--E--L--A--F--Y--
macaque_prot I--S--G--E--K--S--Q--P--D--P--G--E--L--T--D--L--T--A--Q--H--F--I--R--F--E--P--E--N--L--R--S--T--A--R--K--Q--L--I--I--R--N--------H--V--E--L--A--F--Y--
human_dna ATTTCTGGTGAAAAAAGCCAGCCAGACCCTGGAGAGCTCACAGACTTAACAGCCCAGCACTTCATACGATTTGAGCCTGAAAACCTTCGGTCCACGGCTAGGAAGCAGCTGATTATTAGAAAT------CACGTGGAGCTGGCCTTCTAC
chimp_dna ATTTCTGGTGAAAAAAGCCAACCAGACCCTGGAGAGCTCACAGACTTAACAGCCCAGCACTTCATACGATTTGAGCCTGAAAACCTTCGGTCCACGGCTAGGAAGCAGCTGATTATTAGAAAT------CACGTGGAGCTGGCCTTCTAC
macaque_dna ATTTCTGGTGAAAAAAGCCAACCAGACCCTGGAGAGCTCACAGACTTAACAGCCCAGCACTTCATACGATTTGAGCCTGAAAACCTTCGGTCCACGGCTAGGAAGCAGCTGATTATTAGAAAT------CACGTGGAGCTGGCCTTCTAC
hg18 --------------------------------------CAC---------------GC----CATA------------------CTTC--------GCT---------CTG-----------------------GGA-CTGG--------
panTro2 --------------------------------------NNN---------------NN----NNNN------------------NNNN--------NNN---------NNN-----------------------NNN-NNNN--------
rheMac2 --------------------------------------CAC---------------GC----CATA------------------CTTT--------GCT---------CTA-----------------------GGA-CTGG--------
codon_pos --------------------------------------201---------------20----1201------------------2012--------012---------012-----------------------012-0120--------
hg18_prot ---------------------------------------T-----------------P------Y--------------------F----------A-----------L-------------------------G---L--G--------
panTro_prot ---------------------------------------_-----------------_------_--------------------_----------_-----------_-------------------------_---_--_--------
rheMac_prot ---------------------------------------T-----------------P------Y--------------------F----------A-----------L-------------------------G---L--G--------
195. ....|196. ....|197. ....|198. ....|199. ....|200. ....|201. ....|202. ....|203. ....|204. ....|205. ....|206. ....|207. ....|208. ....|209. ....|
prot W--Q--I--M--K--P--N--L--Q--P--L--M--P--G--E--T--F--S--M--D--S--I--K--C--Y--P--D--K--E--T--A--F--S--I--M--P--R--K--G--V--L--S--P--H--T--D--H--E--F--I--
human_prot W--Q--I--M--K--P--N--L--Q--P--L--M--P--G--E--T--F--S--M--D--S--I--K--C--Y--P--D--K--E--T--A--F--S--I--M--P--R--K--G--V--L--S--P--H--T--D--H--E--F--I--
chimp_prot W--Q--I--M--K--P--N--L--Q--P--L--M--P--G--E--T--F--S--M--D--S--I--K--C--Y--P--D--K--E--T--A--F--S--I--M--P--R--K--G--V--L--S--P--H--T--D--H--E--F--I--
macaque_prot W--Q--I--M--K--P--N--L--Q--P--L--M--P--G--E--F--F--S--M--D--S--I--K--C--H--P--D--K--E--T--A--F--S--I--M--P--R--K--G--V--L--S--P--H--T--D--H--E--F--I--
human_dna TGGCAGATCATGAAGCCCAACCTGCAGCCCCTCATGCCTGGAGAAACCTTCAGCATGGACAGCATCAAGTGCTACCCCGACAAGGAGACTGCCTTCTCCATCATGCCCAGAAAGGGGGTTCTAAGCCCCCACACAGACCACGAGTTCATC
chimp_dna TGGCAGATCATGAAGCCCAACCTGCAGCCCCTCATGCCTGGAGAAACCTTCAGCATGGACAGCATCAAGTGCTACCCCGACAAGGAGACTGCCTTCTCCATCATGCCCAGAAAGGGGGTTCTAAGCCCCCACACAGACCACGAGTTCATC
macaque_dna TGGCAGATCATGAAGCCCAACCTGCAGCCCCTCATGCCTGGAGAATTCTTCAGCATGGACAGCATCAAGTGCCACCCCGACAAGGAGACCGCCTTCTCCATCATGCCCAGGAAGGGGGTTCTCAGCCCCCACACAGACCACGAGTTCATC
hg18 -GG------------------------------ATG------------TT-------------------------CCC----AGGA------------------------AAAGG-----------------------------------
panTro2 -GG------------------------------ATG------------TT-------------------------CCC----AGGA------------------------AAAGG-----------------------------------
rheMac2 -GG------------------------------ATG------------TT-------------------------CCC----AGGA------------------------AAAGG-----------------------------------
codon_pos -12------------------------------012------------01-------------------------201----2012------------------------01201-----------------------------------
hg18_prot ---------------------------------M--------------F---------------------------P------G--------------------------K--G------------------------------------
panTro_prot ---------------------------------M--------------F---------------------------P------G--------------------------K--G------------------------------------
rheMac_prot ---------------------------------M--------------F---------------------------P------G--------------------------K--G------------------------------------
210. ....|211. ....|212. ....|213. ....|214. ....|215. ....|216. ....|217. ....|218. ....|219. ....|220. ....|221. ....|222. ....|223. ....|224. ....|
prot L--S--F--S--P--H--E--L--R--D--F--H--S--V--L--Q--M--V--L--E--E--V--P--E--P--V--S--S--E--A--E--S--L--G--H--S--S--Y--S--V--D--D--V--I--V--L--E--I--E--V--
human_prot L--S--F--S--P--H-----L--R--D--F--H--S--V--L--Q--M--V--L--E--E--V--P--E--P-----S--S--E--A--E--S--L--G--H--S--S--Y--S--V--D--D--V--I--V--L--E--I--E--V--
chimp_prot L--S--F--S--P--H-----L--R--D--F--H--S--V--L--Q--M--V--L--E--E--V--P--E--P-----S--S--E--A--E--S--L--G--H--S--S--Y--S--V--D--D--V--I--V--L--E--I--E--V--
macaque_prot L--S--F--S--P--H-----L--R--D--F--H--S--V--L--Q--M--V--L--E--E--V--P--E--P-----S--S--E--A--E--N--L--G--H--S--S--Y--S--V--D--D--V--I--V--L--E--I--E--V--
human_dna CTGAGCTTTTCTCCTCAT---CTGAGGGATTTTCACAGTGTGCTCCAGATGGTGCTAGAGGAAGTCCCAGAGCCT---AGTTCAGAAGCGGAGAGCCTGGGGCACTCCTCCTACTCTGTGGATGATGTGATTGTCCTGGAAATCGAGGTG
chimp_dna CTGAGCTTTTCTCCTCAT---CTGAGGGATTTTCACAGTGTGCTCCAGATGGTGCTAGAGGAAGTCCCAGAGCCT---AGTTCAGAAGCGGAGAGCCTGGGGCACTCCTCCTACTCTGTGGATGATGTGATTGTCCTGGAAATCGAGGTG
macaque_dna CTGAGCTTTTCTCCTCAT---CTGAGAGATTTTCACAGTGTGCTCCAGATGGTTCTAGAGGAAGTCCCAGAGCCT---AGTTCAGAAGCGGAGAACCTGGGGCACTCCTCCTACTCTGTGGATGATGTGATCGTCCTGGAAATCGAGGTG
hg18 ----------------------T---GGA-------------------ATGGT-----------------------------------------------GG-----CTCC-------TGGA--A--TGA----CCTG------------
panTro2 ----------------------T---GGA-------------------ATGGT-----------------------------------------------GG-----CTCC-------TGGA--A--TGA----CCTG------------
rheMac2 ----------------------T---GGA-------------------ATGGT-----------------------------------------------GG-----CTCC-------TGGA--A--TGA----CCTG------------
codon_pos ----------------------2---012-------------------01201-----------------------------------------------20-----1201-------2012--0--120----1201------------
hg18_prot --------------------------G---------------------M--V-------------------------------------------------A-------P---------G----M----T------C-------------
panTro_prot --------------------------G---------------------M--V-------------------------------------------------A-------P---------G----M----T------C-------------
rheMac_prot --------------------------G---------------------M--V-------------------------------------------------A-------P---------G----M----T------C-------------
225. ....|226. ....|227. ....|228. ....|229. ....|230. ....|231. ....|232. ....|233. ....|234. ....|235. ....|236. ....|237. ....|238. ....|239. ....|
prot K--G--S--V--E--P--F--Q--V--L--L--E--P--Y--A--L--I--I--P--G--E--N--Y--I--G--I--N--V--K--K--A--F--K--M--W--N--N--S--K--S--P--I--R--Y--L--W--G--K--I--S--
human_prot K--G--S--V--E--P--F--Q--V--L--L--E--P--Y--A--L--I--I--P--G--E--N--Y--I--G--I--N--V--K--K--A--F-----M--W--N--N--S--K--S--P--I--R--Y--L--W--G--K--I--S--
chimp_prot K--G--S--V--E--P--F--Q--V--L--L--E--P--Y--A--L--I--I--P--G--E--N--Y--I--G--I--N--V--K--K--A--F-----M--W--N--N--S--K--S--P--I--R--Y--L--W--G--K--I--S--
macaque_prot K--G--S--V--E--P--F--Q--V--L--L--Q--P--Y--A--L--I--I--P--G--E--N--Y--I--G--I--N--V--K--K--T--F-----M--W--N--N--S--K--S--P--I--R--Y--L--W--G--K--I--S--
human_dna AAAGGCTCAGTAGAACCTTTCCAGGTTCTCTTAGAGCCATATGCCCTCATCATCCCAGGGGAGAACTACATTGGGATAAATGTGAAGAAGGCTTTT---ATGTGGAACAACAGCAAGTCACCCATCAGATACCTGTGGGGGAAGATCAGC
chimp_dna AAAGGCTCAGTAGAACCTTTCCAGGTTCTCTTAGAGCCATATGCCCTCATCATCCCAGGGGAGAACTACATTGGGATAAATGTGAAGAAGGCTTTT---ATGTGGAACAACAGCAAGTCACCCATCAGATACCTGTGGGGGAAGATCAGC
macaque_dna AAAGGATCAGTAGAACCTTTCCAGGTTCTTTTACAGCCATATGCCCTCATCATCCCAGGGGAGAACTACATTGGCATAAATGTGAAGAAGACTTTT---ATGTGGAACAACAGCAAGTCACCCATCAGATACCTGTGGGGGAAGATCAGC
hg18 --------------------CCAG-------TA----CAT-TG---------TCC------AG-------TT--------------------TTTT-----------------------------------CC----------------C
panTro2 --------------------CCAG-------TA----CGT-TG---------TCC------AG-------TT--------------------TTTT-----------------------------------CC----------------C
rheMac2 --------------------CCAG-------TA----CAT-TG---------TCC------AG-------TT--------------------TTTT-----------------------------------CC----------------T
codon_pos --------------------2012-------01----201-20---------120------12-------01--------------------2012-----------------------------------01----------------2
hg18_prot ---------------------Q---------Y------I---V-----------Q---------------F----------------------F-------------------------------------P------------------
panTro_prot ---------------------Q---------Y------V---V-----------Q---------------F----------------------F-------------------------------------P------------------
rheMac_prot ---------------------Q---------Y------I---V-----------Q---------------F----------------------F-------------------------------------P------------------
240. ....|241. ....|242. ....|243. ....|244. ....|245. ....|246. ....|247. ....|248. ....|249. ....|250. ....|251. ....|252. ....|253. ....|254. ....|
prot D--C--H--I--I--E--V--E--P--G--T--G--V--I--E--P--S--E--V--G--D--F--E--L--N--F--T--G--G--V--P--G--P--T--S--Q--D--L--L--C--E--I--E--D--S--P--S--P--V--V--
human_prot D--C--H--I--I--E--V--E--P--G--T--G--V--------P--S--E--V--G--D--F-----L--N--F--T--G--G--V--P-----P--T--S--Q--D--L--------------------------------------
chimp_prot D--C--H--I--I--E--V--E--P--G--T--G--V--------P--S--E--V--G--D--F-----L--N--F--T--G--G--V--P-----P--T--S--Q--D--L--------------------------------------
macaque_prot D--C--H--I--I--E--V--E--P--G--T--G--V--------P--R--D--V--G--D--F-----L--N--F--T--G--G--V--P-----P--T--S--Q--D--L--------------------------------------
human_dna GACTGCCACATCATTGAAGTGGAGCCCGGCACAGGGGTC------CCCAGTGAGGTCGGGGATTTT---TTGAACTTTACTGGGGGTGTCCCT---CCCACAAGCCAGGACCTG------------------------------------
chimp_dna GACTGCCACATCATTGAAGTGGAGCCCGGCACAGGGGTC------CCCAGTGAGGTCGGGGATTTT---TTGAACTTTACTGGGGGTGTCCCT---CCCACAAGCCAGGACCTG------------------------------------
macaque_dna GACTGCCACATCATTGAAGTGGAGCCCGGCACGGGGGTC------CCCAGGGATGTCGGCGATTTT---TTGAACTTTACTGGGGGTGTCCCC---CCCACAAGCCAGGACCTG------------------------------------
hg18 GACTGCC------TT------------------------------------------GGGGATTTT------------------------------------------GA----------------------------------------
panTro2 GACTGCC------TT------------------------------------------GGGGATTTT------------------------------------------GA----------------------------------------
rheMac2 GACTGCC------TT------------------------------------------GGGGATTTT------------------------------------------GA----------------------------------------
codon_pos 0120120------12------------------------------------------012012012------------------------------------------01----------------------------------------
hg18_prot D--C--L--------------------------------------------------G--D--F--------------------------------------------D-----------------------------------------
panTro_prot D--C--L--------------------------------------------------G--D--F--------------------------------------------D-----------------------------------------
rheMac_prot D--C--L--------------------------------------------------G--D--F--------------------------------------------D-----------------------------------------
255. ....|256. ....|257. ....|258. ....|259. ....|260. ....|261. ....|262. ....|263. ....|264. ....|265. ....|266. ....|267. ....|268. ....|269. ....|
prot L--H--I--E--A--V--F--K--G--P--A--L--I--I--N--V--S--A--L--Q--F--G--L--L--R--L--G--Q--K--A--T--N--S--I--Q--I--R--N--V--S--Q--L--P--A--T--W--R--M--K--E--
human_prot ------------------------G--P--A--L--I--I--N--V--S--A--L--Q--F--G--L--L--R--L--G--Q--K--A--T--N--S--I--Q--I--R--N--V--S--Q--L--P--A--T--W--R--M--K--E--
chimp_prot ------------------------G--P--A--L--I--I--N--V--S--A--L--Q--F--G--L--L--R--L--G--Q--K--A--T--N--S--I--Q--I--R--N--V--S--Q--L--P--A--T--W--R--M--K--E--
macaque_prot ------------------------G--P--A--L--I--I--N--V-----A--L--Q--F--G--L--L--R--L--G--Q--K--A--T--N--S--I--Q--I--R--N--V--S--Q--L--P--A--M--W--R--M--K--E--
human_dna ------------------------GGGCCTGCCCTCATCATCAACGTCTCAGCCCTTCAGTTTGGTCTGCTCCGCCTGGGGCAGAAAGCCACAAACTCCATCCAGATCCGGAACGTCAGCCAGCTCCCAGCCACATGGCGCATGAAGGAG
chimp_dna ------------------------GGGCCTGCCCTCATCATCAACGTCTCAGCCCTTCAGTTTGGTCTGCTCCGCCTGGGGCAGAAAGCCACAAACTCCATCCAGATCCGGAACGTCAGCCAGCTCCCAGCCACATGGCGCATGAAGGAG
macaque_dna ------------------------GGGCCTGCCCTCATCATCAACGTCTAAGCCCTTCAGTTTGGTCTGCTCCGCCTGGGGCAGAAAGCCACAAACTCCATCCAGATCCGGAACGTCAGCCAGCTCCCAGCCATGTGGCGCATGAAGGAA
hg18 -----------------------------TG--------AT-------------------TTT------------------------------------AT-----T--------T--------T---AG------------T---GGAG
panTro2 -----------------------------TG--------AT-------------------TTT------------------------------------AT-----T--------T--------T---AG------------T---GGAG
rheMac2 -----------------------------TG--------AT-------------------TTT------------------------------------AT-----T--------T--------T---AG------------T---GGAG
codon_pos -----------------------------20--------12-------------------012------------------------------------01-----2--------0--------1---20------------1---2012
hg18_prot ------------------------------D-----------------------------F--------------------------------------I---------------L-------------V-----------------E--
panTro_prot ------------------------------D-----------------------------F--------------------------------------I---------------L-------------V-----------------E--
rheMac_prot ------------------------------D-----------------------------F--------------------------------------I---------------L-------------V-----------------E--
*
270. ....|271. ....|272. ....|273. ....|274. ....|275. ....|276. ....|277. ....|278. ....|279. ....|280. ....|281. ....|282. ....|283. ....|284. ....|
prot S--P--V--S--L--Q--E--R--P--E--D--V--S--P--F--D--I--E--P--S--S--G--Q--L--H--S--L--G--E--C--R--V--D--I--T--L--E--A--L--H--C--Q--H--L--E--T--V--L--E--L--
human_prot S--P--V--S--L--Q--E--R--P--E-----V--S--P--F--D--I--E--P--S--S--G--Q--L--H--S--L--G--E--C--R--V--D--I--T--L--E--A--L--H--C--Q--H--L--E--T--V--L--E--L--
chimp_prot S--P--V--C--L--Q--E--R--P--E-----V--S--P--F--D--I--E--P--S--S--G--Q--L--H--S--L--G--E--C--R--V--D--I--T--L--E--A--L--H--C--Q--H--L--E--T--V--L--E--L--
macaque_prot S--P--V--C--L--Q--E--R--P--E-----V--S--P--F--D--I--E--P--S--S--G--Q--L--H--S--L--G--E--C--R--V--D--I--T--L--E--A--R--H--C--Q--H--L--E--T--V--L--E--L--
human_dna AGCCCAGTCTCCCTCCAGGAAAGGCCTGAG---GTGTCTCCCTTCGACATTGAGCCTTCGAGTGGCCAGCTTCACTCTCTGGGGGAGTGCAGGGTGGACATCACCTTGGAGGCCCTGCACTGCCAGCATCTGGAGACCGTCCTGGAGCTG
chimp_dna AGCCCAGTCTGCCTCCAGGAAAGGCCTGAG---GTGTCTCCCTTCGACATTGAGCCTTCGAGTGGCCAGCTTCACTCTCTGGGGGAGTGCAGGGTGGACATCACCTTGGAGGCCCTGCACTGCCAGCATCTGGAGACCGTCCTGGAGCTG
macaque_dna AGCCCAGTCTGCCTCCAAGAAAGGCCTGAG---GTGTCTCCCTTCGACATTGAGCCTTCAAGTGGCCAGCTTCACTCTCTGGGGGAGTGCAGGGTGGACATCACCTTGGAGGCCCGGCACTGCCAGCATCTGGAGACCGTCCTGGAGCTG
hg18 A-CCCAGTC-------------------AG---------CCC----ACA-----------------------CACT-TCTG------------------AT--CC-------CCCTGCA------------GG-------CC-----C-G
panTro2 A-CCCAGTC-------------------AG---------CCC----ACA-----------------------CACT-TCTG------------------AT--CC-------CCCTGCA------------GG-------CC-----C-G
rheMac2 A-CCCAGTC-------------------AG---------CTC----ACA-----------------------CGCT-TCTG------------------AT--CC-------CCCTGCA------------GG-------CC-----C-G
codon_pos 0-1201201-------------------20---------120----120-----------------------1201-2012------------------01--20-------1201201------------20-------12-----0-1
hg18_prot T---Q--S---------------------A-----------H------T-------------------------L---L--------------------I----P---------L--Q--------------A--------------R--
panTro_prot T---Q--S---------------------A-----------H------T-------------------------L---L--------------------I----P---------L--Q--------------A--------------R--
rheMac_prot T---Q--S---------------------A-----------H------T-------------------------L---L--------------------I----P---------L--Q--------------A--------------R--
(H) C
285. ....|286. ....|287. ....|288. ....|289. ....|290. ....|291. ....|292. ....|293. ....|294. ....|295. ....|296. ....|297. ....|298. ....|299. ....|
prot E--V--E--N--G--A--W--S--Y--L--P--V--Y--A--E--V--Q--K--P--H--V--Y--L--Q--S--S--Q--V--E--V--R--N--L--Y--L--G--V--P--T--K--T--T--I--T--L--I--N--G--T--L--
human_prot E--V--E--N--G--A-----S--Y--L--P--V--Y--A--E--V--Q--K--P--H--V--Y--L--Q--S--S--Q--V--E--V--R--N--L--Y--L--G--V--P--T--K--T--T--I--T--L--I--N--G--T--L--
chimp_prot E--V--E--N--G--A-----S--Y--L--P--V--Y--A--E--V--Q--K--P--H--V--Y--L--Q--S--S--Q--V--E--V--R--N--L--Y--L--G--V--P--A--K--T--T--I--T--L--I--N--G--T--L--
macaque_prot E--V--E--N--G--A-----S--Y--L--P--V--Y--A--E--V--Q--K--P--H--V--Y--L--Q--S--S--Q--V--E--V--R--N--L--Y--L--G--V--P--T--R--T--T--I--T--L--I--N--G--T--L--
human_dna GAGGTGGAAAATGGTGCC---AGCTACCTTCCTGTGTATGCTGAGGTACAGAAGCCCCATGTGTACCTACAGAGCAGCCAGGTGGAGGTTAGAAATCTCTACCTGGGTGTGCCCACGAAGACAACCATCACACTTATCAATGGCACGCTC
chimp_dna GAGGTGGAAAATGGGGCC---AGCTACCTTCCTGTGTATGCTGAGGTACAGAAGCCCCATGTGTACCTACAGAGCAGCCAGGTGGAGGTTAGAAATCTCTACCTGGGTGTGCCCGCGAAGACAACCATCACACTTATCAATGGCACGCTC
macaque_dna GAGGTGGAAAATGGGGCC---AGCTACCTTCCTGTGTATGCTGAGGTACAGAAGCCCCATGTGTACCTACAGAGCAGCCAGGTGGAGGTTAGAAATCTCTACCTGGGTGTGCCTACGAGGACAACCATCACACTTATCAATGGCACCCTC
hg18 GAGG--------------------------CC---------------------GCCCC-------------------CC--GTG------------------CTG------------------------ACA-TT---------------
panTro2 GAGG--------------------------CC---------------------GCCCC-------------------CT--GTG------------------CTG------------------------ACA-TT---------------
rheMac2 GAGG--------------------------CC---------------------ACCCC-------------------CC--GTG------------------CTG------------------------ACA-TT---------------
codon_pos 2012--------------------------01---------------------20120-------------------12--012------------------012------------------------012-01---------------
hg18_prot -R----------------------------P-----------------------P--P-----------------------V--------------------L--------------------------T---L----------------
panTro_prot -R----------------------------P-----------------------P--P-----------------------V--------------------L--------------------------T---L----------------
rheMac_prot -R----------------------------P-----------------------P--P-----------------------V--------------------L--------------------------T---L----------------
(H) H (H)
300. ....|301. ....|302. ....|303. ....|304. ....|305. ....|306. ....|307. ....|308. ....|309. ....|310. ....|311. ....|312. ....|313. ....|314. ....|
prot L--P--T--Q--F--H--W--G--K--L--L--G--H--Q--A--E--F--C--M--V--T--V--S--P--K--H--G--L--L--G--P--S--E--E--C--Q--L--K--L--E--L--T--A--H--T--Q--E--E--L--T--
human_prot L--P--T--Q--F--H--W--G-----L--L--G--H--Q--A--E--F--C--M--V--T--V--S--P--K--H--G--L--L--G--P--S--E--E--C--Q--L--K--L--E--L--T--A--H--T-----------------
chimp_prot L--P--T--Q--F--H--W--G-----L--L--G--H--Q--A--D--F--C--M--V--T--V--S--P--K--H--G--L--L--G--P--S--E--E--C--Q--L--K--L--E--L--T--A--H--T-----------------
macaque_prot L--P--T--Q--F--H--W--G-----L--L--G--H--Q--A--D--F--C--M--V--T--V--S--P--R--H--G--L--L--G--P--S--E--E--C--Q--L--K--L--E--L--T--A--H--T-----------------
human_dna CTGCCTACCCAGTTCCACTGGGGC---CTCCTCGGACACCAAGCAGAATTCTGCATGGTGACAGTCTCCCCCAAACATGGCCTGCTGGGCCCAAGTGAGGAGTGCCAGCTCAAGTTGGAGTTGACTGCTCATACC---------------
chimp_dna CTGCCTACCCAGTTCCACTGGGGC---CTCCTCGGGCACCAAGCAGATTTCTGCATGGTGACAGTCTCCCCCAAACATGGCCTGCTGGGCCCAAGCGAGGAGTGCCAGCTCAAGTTGGAGTTGACTGCTCATACC---------------
macaque_dna CTGCCCACCCAGTTCCACTGGGGC---CTCCTAGGGCACCAAGCAGATTTCTGCATGGTGACAGTCTCCCCCAGACATGGCCTGCTGGGCCCCAGCGAGGAGTGCCAGCTGAAGTTGGAGCTGACTGCTCATACC---------------
hg18 -----------GT-----------------------CACC----------------GGT------------------------------------------------------GTTG-----GACTG-----------------------
panTro2 -----------GT-----------------------CACC----------------GGT------------------------------------------------------GTTG-----GACTG-----------------------
rheMac2 -----------GT-----------------------CACC----------------GGT------------------------------------------------------GTTG-----GACTG-----------------------
codon_pos -----------20-----------------------1201----------------201------------------------------------------------------2012-----01201-----------------------
hg18_prot ------------S-------------------------P------------------V--------------------------------------------------------L-------D--C------------------------
panTro_prot ------------S-------------------------P------------------V--------------------------------------------------------L-------D--C------------------------
rheMac_prot ------------S-------------------------P------------------V--------------------------------------------------------L-------D--C------------------------
(*) (*) * (*) * (*)
315. ....|316. ....|317. ....|318. ....|319. ....|320. ....|321. ....|322. ....|323. ....|324. ....|325. ....|326. ....|327. ....|328. ....|329. ....|
prot H--L--A--L--P--C--H--V--S--G--M--K--K--P--L--V--L--G--I--S--G--K--P--Q--G--L--Q--V--A--I--T--I--S--K--E--S--S--D--C--S--T--E--Q--W--P--G--H--P--K--E--
human_prot ---------------------------------------P--L--V--L--G--I--S--G--K--P--Q--G--L--Q--V--A--I--T--I--S--K--E--S--S--D-----S--T--E--Q--W--P--G--H--P--K--E--
chimp_prot ---------------------------------------P--L-----L--G--I-----G--K--P--Q--A--L--Q--V--A--I--T--I--S--E--E--S--S--D-----S--T--E--Q--W--P--G--H--P--K--E--
macaque_prot ---------------------------------------P--L--V--L--G--I--S--G--K--P--Q--G--L--Q--V--A--I--A--I--S--K--E--S--S--D-----S--T--E--Q--W--P--D--H--P--K--E--
human_dna ---------------------------------------CCACTGGTTCTAGGCATTTCTGGGAAGCCCCAGGGACTGCAAGTGGCCATTACCATCTCTAAGGAGAGCTCTGAT---AGCACAGAGCAGTGGCCAGGCCACCCAAAGGAG
chimp_dna ---------------------------------------CCACTG-TTTTAGGCATTT-TGGGAAGCCGCAGGCACTGCAAGTGGCCATCACCATCTCTGAGGAGAGTTCTGAT---AGCACAGAGCAGTGGCCAGGCCACCCAAAGGAG
macaque_dna ---------------------------------------CCACTGGTTCTAGGCATTTCTGGGAAGCCCCAGGGACTGCAAGTGGCCATCGCCATCTCTAAGGAGAGCTCTGAT---AGCACAGAGCAGTGGCCAGACCACCCAAAGGAG
hg18 -------------------------------------------TGGTT--------------------------ACTGC-----------------------------------------------------------------------
panTro2 -------------------------------------------TGGTT--------------------------ACTGC-----------------------------------------------------------------------
rheMac2 -------------------------------------------TGGTT--------------------------ACTGC-----------------------------------------------------------------------
codon_pos -------------------------------------------20120--------------------------12012-----------------------------------------------------------------------
hg18_prot --------------------------------------------G--Y----------------------------C-------------------------------------------------------------------------
panTro_prot --------------------------------------------G--Y----------------------------C-------------------------------------------------------------------------
rheMac_prot --------------------------------------------G--Y----------------------------C-------------------------------------------------------------------------
H (H)
330. ....|331. ....|332. ....|333. ....|334. ....|335. ....|336. ....|337. ....|338. ....|339. ....|340. ....|341. ....|342. ....|343. ....|344. ....|
prot L--R--L--D--F--G--S--A--V--P--L--R--T--R--V--T--R--Q--L--I--L--T--N--R--S--P--I--R--T--R--F--S--L--K--F--E--Y--F--G--S--P--Q--N--S--L--S--K--K--T--S--
human_prot L--R--L--D--F--G--S--A--V--P--L--R--T--R--V--T--R--Q--L--I--L--T--N--R--S--P--I--R--T--R--F--S--L--K--F--E--Y--F--G--S--P--Q--N--S--L--S--K--K--T-----
chimp_prot L--R--L--D--F--G--S--A--V--P--L--R--T--R--V--T--R--Q--L--I--L--T--N--R--S--P--I--R--T--P--F--S--L--K--F--E--Y--F--G--S--P--Q--N--S--L--S--K--K--T-----
macaque_prot L--R--L--D--F--G--S--T--V--P--L--R--T--R--V--N--R--Q--L--I--L--T--N--H--S--P--I--Q--T--P--F--S--L--E--F--E--Y--F--G--S--P--Q--N--S--L--S--K--K--T-----
human_dna CTCCGCCTGGACTTTGGCTCAGCGGTGCCACTGAGGACCCGTGTGACTCGCCAGCTCATTCTCACCAATCGCTCCCCAATACGGACCCGTTTCTCCCTCAAGTTTGAGTATTTCGGGAGCCCCCAAAACAGCCTGAGCAAAAAGACC---
chimp_dna CTCCGCCTGGACTTTGGCTCAGCGGTGCCACTGAGGACCCGTGTGACTCGCCAGCTCATTCTCACCAATCGCTCCCCAATACGGACCCCTTTCTCCCTCAAGTTTGAGTACTTCGGGAGCCCCCAAAACAGCCTGAGCAAAAAGACC---
macaque_dna CTCCGCCTGGACTTTGGCTCAACGGTGCCACTGAGGACCCGTGTGAATCGCCAGCTCATTCTCACCAATCACTCCCCAATACAGACCCCTTTCTCCCTCGAGTTTGAGTACTTCGGGAGCCCCCAAAACAGCCTCAGCAAAAAGACC---
hg18 ------------------------------------------------------CTCATT----------------------GG------------------------------GGGAG-------------------------------
panTro2 ------------------------------------------------------CTCATT----------------------GG------------------------------GGGAG-------------------------------
rheMac2 ------------------------------------------------------CTCATT----------------------GG------------------------------GGGAG-------------------------------
codon_pos ------------------------------------------------------012012----------------------01------------------------------20120-------------------------------
hg18_prot ------------------------------------------------------L--I------------------------G--------------------------------G--V-------------------------------
panTro_prot ------------------------------------------------------L--I------------------------G--------------------------------G--V-------------------------------
rheMac_prot ------------------------------------------------------L--I------------------------G--------------------------------G--V-------------------------------
H C
345. ....|346. ....|347. ....|348. ....|349. ....|350. ....|351. ....|352. ....|353. ....|354. ....|355. ....|356. ....|357. ....|358. ....|359. ....|
prot L--P--N--M--P--P--A--L--L--K--T--V--R--M--Q--E--H--L--A--K--R--E--Q--L--D--F--M--E--S--M--L--S--H--G--K--G--A--A--F--F--P--H--F--S--Q--G--M--L--G--P--
human_prot ---P--N--M--P--P--A--L--L--K--T--V--R--M--Q--E--H--L--A--K--R--E--Q-----D--F--M--E--S--M--L--S--H--G--K--G--A--A--F--F--P--H--F--S--Q--G--M--L--G--P--
chimp_prot ---P--D--M--P--P--V--L--L--K--T--V--R--M--Q--E--H--L--A--K--R--E--Q-----D--F--M--E--S--M--L--S--H--G--K--G--A--A--F--F--P--H--F--S--Q--G--M--L--G--P--
macaque_prot ---P--D--M--P--P--A--L--L--K--T--V--R--M--Q--E--H--L--A--K--R--E--Q-----D--F--M--E--S--M--L--S--H--G--K--G--A--A--F--F--P--H--I--S--Q--G--M--L--G--P--
human_dna ---CCCAACATGCCTCCTGCCCTGCTAAAGACAGTGCGGATGCAAGAGCACCTGGCCAAGCGAGAGCAG---GATTTTATGGAGAGCATGCTATCCCACGGGAAAGGAGCTGCTTTCTTCCCTCACTTTTCCCAGGGCATGCTGGGGCCC
chimp_dna ---CCCGACATGCCTCCTGTCCTGCTAAAGACAGTGCGGATGCAAGAGCACCTGGCCAAGCGAGAGCAG---GATTTTATGGAGAGCATGCTATCCCACGGGAAAGGAGCTGCTTTCTTCCCTCACTTTTCCCAGGGCATGCTGGGGCCC
macaque_dna ---CCCGACATGCCTCCTGCCCTGCTAAAGACAGTGCGGATGCAAGAGCACCTGGCCAAGCGAGAGCAG---GATTTTATGGAGAGCATGCTATCCCACGGGAAAGGAGCTGCTTTCTTCCCTCACATTTCCCAGGGCATGCTGGGGCCC
hg18 ----------------------------------------T-CAAGA-------------------------------------------------------------------------------------------------------
panTro2 ----------------------------------------T-CAAGA-------------------------------------------------------------------------------------------------------
rheMac2 ----------------------------------------T-CAAGA-------------------------------------------------------------------------------------------------------
codon_pos ----------------------------------------1-20120-------------------------------------------------------------------------------------------------------
hg18_prot -------------------------------------------K--M-------------------------------------------------------------------------------------------------------
panTro_prot -------------------------------------------K--M-------------------------------------------------------------------------------------------------------
rheMac_prot -------------------------------------------K--M-------------------------------------------------------------------------------------------------------
*
360. ....|361. ....|362. ....|363. ....|364. ....|365. ....|366. ....|367. ....|368. ....|369. ....|370. ....|371. ....|372. ....|373. ....|374. ....|
prot Y--Q--Q--L--C--I--D--I--T--G--C--A--N--M--W--G--E--Y--W--D--N--L--I--C--T--V--G--D--L--L--P--E--V--I--P--V--H--M--A--A--V--G--C--P--I--S--S--L--R--T--
human_prot Y--Q--Q--L--C--I--D--I--T--G--C--A--N--M--W--G--E--Y--W--D--N--L--I--C-----V--G--D--L--L--P--E--V--I--P--V--H--M--A--A--V--G--C--P--I--S--S--L--R--T--
chimp_prot Y--Q--Q--L--C--I--D--I--T--G--C--A--N--M--W--G--E--Y--W--D--N--L--I--C-----V--G--D--M--L--P--E--V--I--P--V--H--M--A--A--V--G--C--P--I--S--S--L--R--T--
macaque_prot Y--Q--Q--L--C--I--D--I--T--G--C--A--N--M--W--G--E--Y--W--D--N--L--I--C-----V--G--D--L--P--L--A--V--I--P--V--H--M--A--V--V--G--C--P--V--S--S--L--R--T--
human_dna TACCAGCAGCTGTGCATTGACATCACAGGCTGTGCCAACATGTGGGGCGAGTACTGGGACAACCTCATCTGC---GTGGGAGACCTGCTGCCGGAAGTCATCCCAGTGCACATGGCAGCGGTGGGCTGCCCCATCAGCTCCCTGAGGACC
chimp_dna TACCAGCAGCTGTGCATTGACATCACAGGCTGTGCCAACATGTGGGGCGAGTACTGGGACAACCTCATCTGC---GTGGGAGACATGCTGCCGGAAGTCATCCCAGTGCACATGGCAGCAGTGGGCTGCCCCATCAGCTCCCTGAGGACC
macaque_dna TACCAGCAGCTGTGCATTGACATCACAGGCTGTGCCAACATGTGGGGCGAGTACTGGGACAACCTCATCTGC---GTGGGAGACCTGCCGCTGGCAGTCATCCCAGTGCATATGGCAGTGGTGGGCTGCCCCGTCAGCTCCCTGAGGACC
hg18 -----------------TGAC----CAG-----------AT-----------------------TCATCTGC--------A-A-----------AA---AT----GTG-----------GGT----T------TCAG-----TG------
panTro2 -----------------TGAC----CAG-----------AT-----------------------TCATCTGC--------A-A-----------AA---AT----GTG-----------GGT----T------TCAG-----TG------
rheMac2 -----------------TGAC----CAG-----------AT-----------------------TCATCTGC--------A-A-----------AA---AT----GTG-----------GGT----T------TCAG-----TG------
codon_pos -----------------1201----201-----------20-----------------------12012012--------0-1-----------20---12----012-----------012----0------1201-----20------
hg18_prot -------------------T------R-------------F-------------------------I--C----------K--------------N---------V-------------G------F--------S-------V------
panTro_prot -------------------T------R-------------F-------------------------I--C----------K--------------N---------V-------------G------F--------S-------V------
rheMac_prot -------------------T------R-------------F-------------------------I--C----------K--------------N---------V-------------G------F--------S-------V------
*
375. ....|376. ....|377. ....|378. ....|379. ....|380. ....|381. ....|382. ....|383. ....|384. ....|385. ....|386. ....|387. ....|388. ....|389. ....|
prot T--S--Y--T--I--D--Q--A--Q--K--E--P--A--M--R--F--G--T--Q--V--S--G--G--D--T--V--T--R--T--L--R--L--N--N--S--S--P--C--D--I--R--L--D--W--E--T--Y--V--P--E--
human_prot T--S--Y--T--I--D--Q--A--Q--K--E--P--A-----R--F--G--T--Q--V--S--G--G--D--T--V--T--R--T--L--R--L--N--N--S--S--P-----D--I--R--L--D--W--E--T--Y--V--P--E--
chimp_prot T--S--Y--T--T--D--Q--A--Q--K--E--P--A-----R--F--G--T--Q--V--S--G--G--D--T--V--T--R--T--L--R--L--N--N--S--S--P-----D--I--R--L--D--W--E--T--Y--V--P--E--
macaque_prot T--S--Y--T--T--D--Q--A--Q--K--E--P--A-----R--F--G--T--Q--V--S--G--G--D--T--V--T--R--T--L--R--L--N--N--S--S--P-----D--I--R--L--D--W--E--T--Y--V--P--E--
human_dna ACCTCCTACACTATTGACCAGGCCCAGAAGGAACCAGCC---AGGTTCGGCACCCAGGTCTCCGGAGGAGACACAGTTACCCGAACCCTTCGCCTGAATAACTCCAGCCCC---GACATCCGCCTGGATTGGGAGACCTATGTTCCAGAA
chimp_dna ACCTCCTACACTACTGACCAGGCCCAGAAGGAACCAGCC---AGGTTCGGCACCCAGGTCTCCGGAGGAGACACAGTTACCCGAACCCTTCGCCTGAATAACTCCAGCCCC---GACATCCGCCTGGATTGGGAGACCTATGTTCCAGAA
macaque_dna ACCTCCTACACTACTGACCAGGCCCAGAAGGAACCAGCC---AGGTTCGGCACCCAGGTCTCCGGAGGAGACACAGTTACCCGCACCCTTCGCCTGAATAACTCCAGTCCC---GACATCCGCCTGGATTGGGAGACCTACGTTCCAGAA
hg18 -------------TTG--------------------G-C---AGGTTC--------------------------------------------------------------------------------------------TG--------
panTro2 -------------TTG--------------------G-C---AGGTTC--------------------------------------------------------------------------------------------TG--------
rheMac2 -------------TTG--------------------G-C---AGGTTC--------------------------------------------------------------------------------------------TG--------
codon_pos -------------120--------------------1-2---012012--------------------------------------------------------------------------------------------01--------
hg18_prot ---------------G--------------------------R--F----------------------------------------------------------------------------------------------C---------
panTro_prot ---------------G--------------------------R--F----------------------------------------------------------------------------------------------C---------
rheMac_prot ---------------G--------------------------R--F----------------------------------------------------------------------------------------------C---------
(H)(C) H
390. ....|391. ....|392. ....|393. ....|394. ....|395. ....|396. ....|397. ....|398. ....|399. ....|400. ....|401. ....|402. ....|403. ....|404. ....|
prot D--K--E--D--R--L--V--E--L--L--V--F--Y--G--P--P--F--P--L--R--D--Q--A--G--N--E--L--V--C--P--D--T--P--E--G--G--C--L--L--W--S--P--G--P--S--S--S--S--E--F--
human_prot D--K--E--D--R--L--V--E--L--L--V--F--Y--G--P--P--F--P--L--R--D--Q--A--G--N--E--L--V--C--P--D--T--P--E--G--G--C--L--L--W--S--P--G--P--S--S--S--S--E--F--
chimp_prot D--K--E--D--R--L--V--E--L--L--V--F--Y--G--P--P--F--P--L--R--D--Q--A--G--N--E--L--V--C--P--D--T--P--E--G--G--C--L--L--W--S--P--S--P--S--S--S--S--E--F--
macaque_prot D--K--E--D--R--L--V--E--L--L--V--F--Y--G--P--P--F--P--L--R--D--Q--A--G--N--E--L--V--C--P--D--T--S--E--G--G--C--L--L--W--S--P--S--P--S--S--S--S--E--F--
human_dna GACAAGGAAGACCGGCTGGTGGAGCTGCTGGTGTTTTATGGGCCACCTTTCCCGCTGCGGGACCAAGCCGGGAATGAGCTTGTGTGCCCTGATACCCCTGAGGGTGGCTGCCTCCTCTGGTCCCCAGGCCCCTCCAGTTCATCGGAATTC
chimp_dna GACAAGGAAGACCGGCTGGTGGAGCTGCTGGTGTTTTACGGACCACCTTTCCCGCTGCGGGACCAAGCCGGGAATGAGCTTGTGTGCCCTGATACCCCTGAGGGTGGCTGCCTCCTCTGGTCCCCAAGCCCCTCCAGTTCATCGGAATTC
macaque_dna GACAAGGAAGACCGGCTGGTGGAGCTGCTGGTGTTTTACGGGCCACCTTTCCCGCTGCGGGACCAAGCCGGGAACGAGCTTGTGTGCCCAGATACCTCGGAGGGTGGCTGCCTCCTCTGGTCCCCAAGCCCCTCCAGTTCATCAGAATTC
hg18 --CA-------------------------------TTATG----------------------------------------------------------------------------------CCCA------------------------
panTro2 --CA-------------------------------TTATG----------------------------------------------------------------------------------CCCA------------------------
rheMac2 --CA-------------------------------TTATT----------------------------------------------------------------------------------CCCA------------------------
codon_pos --20-------------------------------12012----------------------------------------------------------------------------------0120------------------------
hg18_prot ---I---------------------------------M------------------------------------------------------------------------------------P--K------------------------
panTro_prot ---I---------------------------------M------------------------------------------------------------------------------------P--K------------------------
rheMac_prot ---I---------------------------------I------------------------------------------------------------------------------------P--K------------------------
405. ....|406. ....|407. ....|408. ....|409. ....|410. ....|411. ....|412. ....|413. ....|414. ....|415. ....|416. ....|417. ....|418. ....|419. ....|
prot S--H--E--T--D--S--S--V--E--G--S--S--S--A--S--N--R--V--A--Q--K--L--I--S--V--I--L--Q--A--H--E--G--V--P--S--G--H--L--Y--C--I--S--P--K--Q--V--V--V--P--A--
human_prot S--H--E--T--D--S-----V--E--G--S--S--S--A--S--N--R--V--A--Q--K--L--I--S--V--I--L--Q--A--H--E--G--V--P--S--G--H--L--Y--C--I--S--P--K--Q-----V--V--P--A--
chimp_prot S--H--E--T--D--S-----V--E--G--S--S--S--A--S--N--R--V--A--Q--K--L--I--S--V--I--L--Q--A--H--E--G--V--P--S--G--H--L--Y--C--I--S--P--K--Q-----V--V--P--A--
macaque_prot S--H--E--T--D--S-----V--E--G--S--S--S--A--S--N--R--V--S--Q--K--L--I--S--V--I--L--Q--A--H--E--G--V--P--S--G--H--L--Y--C--I--S--P--K--Q-----V--V--P--A--
human_dna AGCCATGAAACTGACTCA---GTTGAGGGCAGCTCCAGTGCCAGCAATAGGGTGGCACAGAAGCTCATCTCAGTCATCCTGCAGGCACATGAGGGGGTGCCCTCCGGCCACCTGTACTGTATCAGCCCCAAGCAG---GTGGTCCCTGCT
chimp_dna AGCCATGAAACTGACTCA---GTTGAGGGCAGCTCCAGTGCCAGCAATAGGGTGGCACAGAAGCTCATCTCAGTCATCCTGCAGGCACATGAGGGGGTGCCCTCCGGCCACCTGTACTGTATCAGCCCCAAGCAG---GTGGTCCCTGCT
macaque_dna AGCCATGAAACTGACTCA---GTTGAGGGCAGCTCCAGTGCCAGCAATAGAGTGTCACAGAAGCTCATCTCAGTCATCCTGCAGGCACATGAGGGGGTGCCATCCGGCCACCTGTACTGTATCAGCCCCAAGCAG---GTGGTCCCTGCT
hg18 -------AAAC-------------------------------------------------AAGCT----------------------------------------GGCCACC---ACT--------------------------------
panTro2 -------AAAC-------------------------------------------------AAGCT----------------------------------------GGCCACC---ACT--------------------------------
rheMac2 -------AAAC-------------------------------------------------AAGCT----------------------------------------GGCCACC---ACT--------------------------------
codon_pos -------1201-------------------------------------------------20120----------------------------------------1201201---201--------------------------------
hg18_prot ---------T---------------------------------------------------S--W------------------------------------------P--P-----L---------------------------------
panTro_prot ---------T---------------------------------------------------S--W------------------------------------------P--P-----L---------------------------------
rheMac_prot ---------T---------------------------------------------------S--W------------------------------------------P--P-----L---------------------------------
(H)
420. ....|421. ....|422. ....|423. ....|424. ....|425. ....|426. ....|427. ....|428. ....|429. ....|430. ....|431. ....|432. ....|433. ....|434. ....|
prot G--G--S--S--T--I--Y--I--S--F--T--P--M--V--L--S--P--E--I--L--H--K--V--E--C--T--G--Y--A--L--G--F--M--S--L--D--S--K--V--E--R--E--I--P--G--K--R--H--R--L--
human_prot G--G--S--S--T--I--Y--I--S--F--T--P--M--V--L--S--P--E--I--L--H--K--V--E--C--T--G--Y--A--L--G--F--M--S--L--D--S-----V--E--R--E--I--P--G--K--R--H--R--L--
chimp_prot G--G--S--S--T--I--Y--I--S--F--T--P--M--V--L--S--P--E--I--L--H--K--V--E--C--T--G--Y--A--L--G--F--M--S--L--D--S-----V--E--R--E--I--P--G--K--R--H--R--L--
macaque_prot G--G--S--S--T--I--Y--I--S--F--T--P--M--V--L--S--P--E--I--L--H--K--V--E--C--T--G--Y--A--L--G--F--M--S--L--D--S-----V--E--R--E--I--P--G--K--R--H--R--L--
human_dna GGGGGCAGCAGTACCATCTACATCTCCTTCACCCCTATGGTGCTCAGCCCTGAGATCCTGCACAAGGTGGAGTGTACTGGCTACGCCCTGGGTTTCATGAGCTTGGACAGC---GTGGAAAGGGAGATTCCAGGGAAGAGGCATCGCCTG
chimp_dna GGGGGCAGCAGCACCATCTACATCTCCTTCACCCCTATGGTGCTCAGCCCTGAGATCCTGCACAAGGTGGAGTGTACTGGCTACGCCCTGGGTTTCATGAGCTTGGACAGC---GTGGAAAGGGAGATTCCAGGGAAGAGGCATCGCCTG
macaque_dna GGGGGCAGCAGCACCATCTACATCTCCTTCACCCCCATGGTGCTCAGCCCTGAGATACTACACAAGGTGGAGTGTACTGGCTACGCCCTGGGTTTCATGAGCTTGGACAGC---GTGGAAAGGGAGATTCCAGGGAAGAGGCATCGCCTG
hg18 ---------------------------------------------------------------AA--------------------------GTTTCA-----------------------------------------AGGC--------
panTro2 ---------------------------------------------------------------AA--------------------------GTTTCA-----------------------------------------AGGC--------
rheMac2 ---------------------------------------------------------------AA--------------------------GTTTCA-----------------------------------------AGGC--------
codon_pos ---------------------------------------------------------------20--------------------------120120-----------------------------------------1201--------
hg18_prot ----------------------------------------------------------------S----------------------------F--K-------------------------------------------A---------
panTro_prot ----------------------------------------------------------------S----------------------------F--K-------------------------------------------A---------
rheMac_prot ----------------------------------------------------------------S----------------------------F--K-------------------------------------------A---------
435. ....|436. ....|437. ....|438. ....|439. ....|440. ....|441. ....|442. ....|443. ....|444. ....|445. ....|446. ....|447. ....|448. ....|449. ....|
prot Q--D--F--A--V--G--P--L--K--L--D--L--H--S--Y--V--R--P--A--Q--L--S--V--E--L--D--Y--G--G--S--M--E--F--Q--C--Q--A--S--D--L--I--P--E--Q--P--C--S--G--V--L--
human_prot Q--D--F--A--V--G--P--L--K--L--D--L--H--S--Y--V--R--P--------L--S--V--E--L--D--Y--G--G--S--M--E--F--Q--C--Q--A--S--D--L--I--P--E--Q--P--C--S-----V--L--
chimp_prot Q--D--F--A--V--G--P--L--K--L--D--L--H--S--Y--V--R--P--------L--S--V--E--L--D--Y--G--G--S--M--E--F--Q--C--Q--A--S--D--L--I--P--E--Q--P--C--S-----V--L--
macaque_prot Q--D--F--A--V--G--P--L--K--L--D--L--H--S--Y--V--R--P--------L--S--V--E--L--D--Y--G--G--S--M--E--F--Q--C--Q--A--S--D--L--I--P--E--Q--P--C--S-----V--L--
human_dna CAGGACTTTGCGGTGGGACCCCTGAAACTGGACCTGCATAGCTACGTGAGGCCT------CTAAGTGTGGAGCTGGACTACGGCGGCAGTATGGAATTCCAGTGCCAGGCCAGTGACCTCATTCCCGAGCAGCCCTGCTCT---GTGCTG
chimp_dna CAGGACTTTGCGGTGGGACCCCTGAAACTGGACCTGCATAGCTACGTGAGGCCT------CTAAGTGTGGAGCTGGACTACGGCGGCAGTATGGAATTCCAGTGCCAGGCCAGTGACCTCATTCCCGAGCAGCCCTGCTCT---GTGCTG
macaque_dna CAGGACTTTGCAGTGGGACCCCTGAAACTGGACCTGCATAGCTACGTGAGGCCT------CTAAGTGTGGAACTGGACTACGGCGGCAGCATGGAATTCCAGTGCCAGGCCAGTGACCTCATTCCCGAGCAGCCCTGCTCT---GTGCTG
hg18 CA-----TTGC--------------AAC----------------CGT------------------------------------CGGC----------------------------------TT-----------------T---GT----
panTro2 CA-----TTGC--------------AAC----------------CGT------------------------------------CGGC----------------------------------TT-----------------T---GT----
rheMac2 CA-----TTGC--------------AAC----------------TGT------------------------------------CGGC----------------------------------TT-----------------T---GT----
codon_pos 20-----1201--------------201----------------201------------------------------------2012----------------------------------01-----------------2---01----
hg18_prot -I-------A----------------T------------------V--------------------------------------G------------------------------------F----------------------V-----
panTro_prot -I-------A----------------T------------------V--------------------------------------G------------------------------------F----------------------V-----
rheMac_prot -I-------A----------------T------------------V--------------------------------------G------------------------------------F----------------------V-----
(C) C H
450. ....|451. ....|452. ....|453. ....|454. ....|455. ....|456. ....|457. ....|458. ....|459. ....|460. ....|461. ....|462. ....|463. ....|464. ....|
prot S--E--L--V--T--T--H--H--L--K--L--T--N--T--T--E--I--P--H--Y--F--R--L--M--V--S--R--P--F--S--V--S--Q--D--G--A--S--Q--D--H--R--A--P--G--P--G--Q--K--Q--E--
human_prot S--E--L--V--T--T--H--H--L--K--L--T--N--T--T--E--I--P--H--Y--F--R--L--M--V--S--R--P--F--S--V--S--Q--D--G--A--S--Q--D--H--R--A--P--G--P--G--Q--K--Q--E--
chimp_prot S--E--L--V--T--T--H--H--L--K--L--T--N--T--T--E--I--P--H--Y--F--R--L--M--V--S--R--P--F--S--V--S--Q--D--G--V--S--R--D--H--R--A--P--G--P--G--Q--K--Q--E--
macaque_prot S--E--L--V--I--T--H--H--L--K--L--T--N--T--T--E--I--P--H--Y--F--R--L--M--V--S--R--P--F--S--V--S--Q--D--G--A--S--R--D--H--R--V--P--G--P--G--Q--K--Q--E--
human_dna AGTGAGCTGGTGACCACCCACCACCTGAAGCTGACCAACACTACAGAGATCCCACACTACTTCCGGCTTATGGTCTCCAGGCCCTTCTCCGTTTCTCAAGATGGGGCGAGCCAGGACCACAGAGCTCCTGGCCCTGGCCAGAAGCAGGAG
chimp_dna AGTGAGCTGGTGACCACCCACCACCTGAAGCTGACCAACACTACAGAGATCCCACACTACTTCCGGCTTATGGTCTCCAGGCCCTTCTCTGTTTCTCAAGATGGGGTGAGCCGGGACCACAGAGCTCCTGGCCCTGGCCAGAAGCAGGAG
macaque_dna AGTGAGCTGGTGATCACCCACCACCTGAAGCTGACCAACACTACAGAGATCCCACACTACTTCCGGCTCATGGTCTCCAGGCCCTTCTCCGTTTCCCAAGATGGGGCGAGCCGGGACCACAGAGTTCCTGGCCCTGGCCAGAAGCAGGAG
hg18 -------------------------TGAA------CAAC-------------------------------------------------------------------------------------CTCCT---------------------
panTro2 -------------------------TGAA------CAAC-------------------------------------------------------------------------------------CTCCT---------------------
rheMac2 -------------------------TGAG------CAAC-------------------------------------------------------------------------------------CTCCT---------------------
codon_pos -------------------------2012------0120-------------------------------------------------------------------------------------12012---------------------
hg18_prot --------------------------E--------Q--P---------------------------------------------------------------------------------------P-----------------------
panTro_prot --------------------------E--------Q--P---------------------------------------------------------------------------------------P-----------------------
rheMac_prot --------------------------E--------Q--P---------------------------------------------------------------------------------------P-----------------------
(C) (H)(H)
465. ....|466. ....|467. ....|468. ....|469. ....|470. ....|471. ....|472. ....|473. ....|474. ....|475. ....|476. ....|477. ....|478. ....|479. ....|
prot C--E--E--E--T--A--S--A--D--K--Q--L--V--L--Q--A--Q--E--N--M--L--V--N--V--S--F--S--L--S--L--E--L--L--S--Y--Q--K--L--P--A--D--Q--T--L--P--G--V--D--I--Q--
human_prot C--E--E--E--T--A--S--A--D--K--Q--L--V--L--Q--A--Q--E--N--M-----V--N--V--S--F--S--L--S--L--E--L--L--S--Y--Q--K--L--P--A--D--Q--T--L--P--G--V--D--I--Q--
chimp_prot C--E--E--E--T--A--S--A--D--K--Q--L--V--L--R--A--Q--E--N--M-----V--N--V--S--F--S--L--S--L--E--L--L--S--Y--Q--K--L--P--A--D--Q--T--L--P--G--V--D--I--Q--
macaque_prot C--E--E--E--T--A--S--A--D--K--Q--L--V--L--P--A--Q--E--N--M-----V--N--V--S--F--S--L--S--L--E--L--L--S--Y--Q--K--L--P--A--D--Q--T--L--P--G--V--D--I--Q--
human_dna TGTGAGGAGGAGACAGCCTCAGCGGACAAGCAGCTGGTGCTCCAAGCACAGGAGAACATG---GTGAACGTGTCCTTCTCACTCTCCCTGGAGCTGCTCTCCTATCAGAAGCTCCCAGCTGACCAGACACTGCCTGGGGTGGACATTCAG
chimp_dna TGTGAGGAGGAGACAGCCTCGGCGGACAAGCAGCTGGTGCTCCGAGCACAGGAGAACATG---GTGAACGTGTCCTTCTCACTCTCCCTGGAGCTGCTCTCCTATCAGAAGCTCCCGGCCGACCAGACACTGCCTGGGGTGGACATTCAG
macaque_dna TGTGAGGAGGAGACAGCCTCAGCAGACAAGCAGCTGGTGCTGCCAGCACAGGAGAACATG---GTGAACGTGTCCTTCTCACTCTCCCTGGAGCTGCTCTCCTATCAGAAGCTCCCGGCCGACCAGACGCTGCCTGGGGTGGACATTCAG
hg18 ---------------------------------------------------------------------------TT-----------TGGA-----------ATC-----------------------CTGCC-----------TTC--
panTro2 ---------------------------------------------------------------------------TT-----------TGGA-----------ATC-----------------------CTGCC-----------TTC--
rheMac2 ---------------------------------------------------------------------------TT-----------TGGA-----------ATC-----------------------CTGCC-----------TTC--
codon_pos ---------------------------------------------------------------------------01-----------2012-----------012-----------------------01201-----------201--
hg18_prot ---------------------------------------------------------------------------F-------------G-------------I-------------------------L--P-------------S---
panTro_prot ---------------------------------------------------------------------------F-------------G-------------I-------------------------L--P-------------S---
rheMac_prot ---------------------------------------------------------------------------F-------------G-------------I-------------------------L--P-------------S---
C
480. ....|481. ....|482. ....|483. ....|484. ....|485. ....|486. ....|487. ....|488. ....|489. ....|490. ....|491. ....|492. ....|493. ....|494. ....|
prot Q--S--A--S--G--E--R--E--M--V--F--T--Q--N--L--L--L--E--Y--T--N--Q--T--T--Q--V--V--P--L--R--A--V--V--A--V--P--E--L--Q--L--S--T--S--W--V--D--F--G--T--C--
human_prot Q--S--A--S--G--E--R--E--M--V--F--T--Q--N--L--L--L--E--Y--T--N--Q--T--T--Q--V--V--P--L--R--A--V--V--A--V--P--E--L--Q--L--S--T--S--W--V--D--F--G--T--C--
chimp_prot Q--S--A--S--G--E--R--E--M--V--F--T--Q--N--L--L--L--E--Y--T--N--Q--T--T--Q--V--V--P--L--R--A--V--V--A--V--P--E--L--Q--L--S--T--S--W--L--D--F--G--T--C--
macaque_prot Q--S--A--S--G--E--R--E--M--V--F--T--Q--N--L--L--L--E--Y--T--N--Q--T--T--Q--V--V--P--L--R--A--V--V--A--V--P--E--L--Q--L--S--T--S--W--V--D--F--G--T--C--
human_dna CAGAGTGCGAGTGGAGAGAGAGAGATGGTGTTTACTCAGAACCTGCTCCTGGAGTACACCAACCAGACCACTCAGGTGGTGCCCCTGCGGGCTGTGGTGGCCGTGCCTGAGCTGCAGCTCTCCACCAGCTGGGTGGACTTTGGGACCTGC
chimp_dna CAGAGTGCGAGTGGAGAGAGAGAGATGGTGTTTACTCAGAACCTGCTCCTGGAGTACACCAACCAGACCACTCAGGTGGTGCCCCTGCGGGCTGTGGTGGCCGTGCCTGAGCTGCAGCTCTCCACCAGCTGGTTGGACTTTGGGACCTGC
macaque_dna CAGAGCGCGAGTGGAGAGAGAGAGATGGTGTTTACTCAGAACCTGCTCCTGGAGTACACCAACCAGACCACTCAGGTGGTGCCCCTGCGGGCCGTGGTGGCCGTGCCTGAGCTGCAGCTCTCCACCAGCTGGGTGGACTTTGGGACCTGC
hg18 --------------------------GGTGTT---------------------------------------------------------------------------TGAGCTG------------------------------------
panTro2 --------------------------GGTGTT---------------------------------------------------------------------------TGAGCTG------------------------------------
rheMac2 --------------------------GGTGTT---------------------------------------------------------------------------TGAGCTG------------------------------------
codon_pos --------------------------201201---------------------------------------------------------------------------2012012------------------------------------
hg18_prot ---------------------------V--F-----------------------------------------------------------------------------E--L--------------------------------------
panTro_prot ---------------------------V--F-----------------------------------------------------------------------------E--L--------------------------------------
rheMac_prot ---------------------------V--F-----------------------------------------------------------------------------E--L--------------------------------------
(H)
495. ....|496. ....|497. ....|498. ....|499. ....|500. ....|501. ....|502. ....|503. ....|504. ....|505. ....|506. ....|507. ....|508. ....|509. ....|
prot F--V--S--Q--Q--R--V--R--E--V--Y--L--M--N--L--S--G--C--R--S--Y--W--T--M--L--M--G--Q--Q--E--P--A--K--A--A--V--A--F--R--V--S--P--N--S--G--L--L--E--A--R--
human_prot F--V--S--Q--Q--R--V--R--E--V--Y--L--M--N--L--S--G--C--R--S--Y--W--T--M--L-----G--Q--Q--E--P--A--K--A--A--V--A--F--R--V--S--P--N--S--G--L--L--E--A--R--
chimp_prot F--V--S--Q--Q--R--V--R--E--V--Y--L--M--N--L--S--G--C--R--S--Y--W--T--M--L-----G--Q--Q--E--P--A--K--A--A--V--A--F--R--V--S--P--N--S--G--L--L--E--A--R--
macaque_prot F--V--S--Q--Q--R--V--R--E--V--Y--L--M--N--L--S--G--C--R--S--Y--W--T--M--L-----G--Q--Q--E--P--P--K--A--A--V--A--F--S--V--S--P--S--S--G--L--L--E--A--R--
human_dna TTTGTGAGCCAGCAGCGAGTCCGGGAGGTCTACCTGATGAACCTGAGCGGGTGCCGAAGCTACTGGACTATGCTG---GGCCAGCAGGAGCCAGCCAAGGCCGCTGTGGCCTTCAGGGTCTCCCCAAACAGTGGGCTGCTAGAAGCACGA
chimp_dna TTTGTGAGCCAGCAGCGAGTCCGGGAGGTCTACCTGATGAACCTGAGCGGCTGCCGAAGCTACTGGACTATGCTG---GGCCAGCAGGAGCCAGCCAAGGCCGCTGTGGCCTTCAGGGTCTCCCCAAACAGTGGGCTGCTAGAAGCACGA
macaque_dna TTTGTGAGCCAGCAGCGAGTCCGGGAGGTCTACCTGATGAACCTGAGCGGCTGCCGAAGCTACTGGACTATGCTG---GGCCAGCAGGAGCCACCCAAGGCTGCTGTGGCCTTCAGCGTCTCCCCAAGCAGTGGGCTGCTAGAAGCACGA
hg18 -------GCC----------CCGGGA-------C--AT--------------------GCTA------TAT-------------------------------------------------T--------AGTGG----------------
panTro2 -------GCC----------CCGGGA-------C--AT--------------------GCTA------TAT-------------------------------------------------T--------AGTGG----------------
rheMac2 -------GCC----------CCGGGA-------C--AT--------------------GCTG------TAT-------------------------------------------------T--------AGTGG----------------
codon_pos -------012----------012012-------0--12--------------------0120------120-------------------------------------------------1--------20120----------------
hg18_prot -------A------------P--G---------H------------------------A--I--------L-----------------------------------------------------------V--E----------------
panTro_prot -------A------------P--G---------H------------------------A--I--------L-----------------------------------------------------------V--E----------------
rheMac_prot -------A------------P--G---------H------------------------A--V--------L-----------------------------------------------------------V--E----------------
(C)
510. ....|511. ....|512. ....|513. ....|514. ....|515. ....|516. ....|517. ....|518. ....|519. ....|520. ....|521. ....|522. ....|523. ....|524. ....|
prot S--A--N--A--P--P--T--S--I--A--L--Q--V--F--F--T--A--R--S--S--E--L--Y--E--S--T--M--V--V--E--G--V--L--G--E--K--S--C--T--L--R--L--R--G--Q--G--S--Y--D--E--
human_prot S--A--N--A--P--P--T--S--I--A--L--Q--V--F--F--T-----R--S--S--E--L--Y--E--S--T--M--V--V--E--G--V--L--G--E--K--S--C--T--L--R--L--R--G--Q--G--S--Y--D--E--
chimp_prot S--A--N--A--P--P--T--S--I--A--L--Q--V--F--F--T-----R--S--S--E--L--Y--E--S--T--M--V--V--E--G--V--L--G--E--K--S--C--T--L--R--L--R--G--Q--G--S--Y--D--E--
macaque_prot S--A--N--A--P--P--T--S--I--A--L--Q--V--F--F--T-----R--S--S--E--L--Y--E--S--T--M--V--V--E--G--V--L--G--E--K--S--C--T--L--R--L--R--G--Q--G--S--Y--D--E--
human_dna TCCGCCAATGCACCCCCAACCTCCATCGCCTTGCAGGTTTTCTTCACT---AGGAGTAGTGAGCTGTACGAGTCCACGATGGTGGTGGAAGGTGTGCTCGGTGAGAAGTCCTGCACCCTGCGGCTCCGGGGCCAAGGCTCCTATGATGAG
chimp_dna TCTGCCAATGCACCCCCAACCTCCATCGCCTTGCAGGTTTTCTTCACT---AGGAGTAGTGAGCTGTACGAGTCCACGATGGTGGTGGAAGGTGTGCTCGGTGAGAAGTCCTGCACCCTGCGGCTCCGGGGCCAAGGCTCCTATGATGAG
macaque_dna TCCGCCAATGCACCCCCAACATCCATCGCCTTGCAGGTTTTCTTCACT---AGGAGTAGTGAGCTGTACGAGTCCACGATGGTGGTGGAAGGTGTGCTTGGTGAGAAGTCCTGCACCCTGCGGCTCCGGGGCCAAGGCTCTTATGATGAG
hg18 ---------------------------------------------------AGGA-----------------------AT-----TGG------------------------GCA----GC-----------------------------
panTro2 ---------------------------------------------------AGGA-----------------------AT-----TGG------------------------GCA----GC-----------------------------
rheMac2 ---------------------------------------------------AGGA-----------------------AT-----TGG------------------------GCA----GC-----------------------------
codon_pos ---------------------------------------------------1201-----------------------20-----120------------------------120----12-----------------------------
hg18_prot -----------------------------------------------------E-------------------------L-------G--------------------------S-----------------------------------
panTro_prot -----------------------------------------------------E-------------------------L-------G--------------------------S-----------------------------------
rheMac_prot -----------------------------------------------------E-------------------------L-------G--------------------------S-----------------------------------
525. ....|526. ....|527. ..
prot R--Y--M--L--P--H--Q-----P--
human_prot R--Y--M--L--P--H--Q--------
chimp_prot R--Y--M--L--P--H--Q--------
macaque_prot R--Y--M--L--P--H--Q--------
human_dna AGATACATGTTGCCTCACCA---G---
chimp_dna AGATACATGTTGCCTCACCA---G---
macaque_dna AGATACATGTTGCCTCACCA---G---
hg18 ---------------------------
panTro2 ---------------------------
rheMac2 ---------------------------
codon_pos ---------------------------
hg18_prot ---------------------------
panTro_prot ---------------------------
rheMac_prot ---------------------------